İstanbul Boğazı'nın altında inşa edilen tüp geçidin beklenenden daha derine inmesi gerektiği ortaya çıktı. Derinlik farkı nedeniyle maliyet 225 milyon dolar artarak 1 milyar 75 milyon dolardan 1 milyar 300 milyon dolara çıkacak. Ulaştırma Bakanlığı'na bağlı Demiryolları, Limanlar ve Hava Meydanları İnşaatı (DLH) Genel Müdürlüğü, ihaleye çıkarken Boğaz'da tünellerin yerleştirileceği derinliği, trenlerin kullanacağı daha kuzeydeki Marmaray'ı dikkate alarak, 60 metre dolayında hesaplamıştı. Ancak ikinci tünelin inşa edileceği bölgede yapılan sondajda, lastik tekerlekli araçların kullanacağı tüp geçişin yer aldığı bölgede zeminin Marmaray'a göre daha geçişken olduğu tespit edildi. Buna göre tüp geçişin bulunduğu bölgede derinlik 80 metreye kadar çıkacak.
