"BalyozGüvenlik Harekat Planı" ile ilgili iddianamede, darbe girişiminin engellenmesi için Çetin Doğan ile birlikte 3'üncü Ordu Komutanı T.A. ve bir generalin emekli edildiği öne sürüldü. Mahkeme tarafından kabul edilen Balyoz İddianamesi'nde 2003'ün ilk aylarında devreye sokulması planlanan Balyoz Planı'ndan TSK'nın üst kademesindeki bazı kişiler ile MİT Müsteşarı'nın ve bazı gazetecilerin bilgisi olduğu iddia edildi. Plan içerisinde çok önemli bir yeri olan dönemin 1. Ordu Komutanı, Emekli Orgeneral Çetin Doğan'ın 31 Mart 2003 tarihinde, hükümetin bu işi götüremediğine dair bir yazı yazdığı, yazının çok ağır ifadeler içermesi sebebiyle Genelkurmay Başkanı'na ulaştırılmadığı da ifae edildi. İddianamede üç komutanın bu süreçte emekli edildiği bilgisi yer aldı. Darbenin gerçekleşmemesinde dönemin Kara Kuvvetleri Komutanı Aytaç Yalman'ın rolü olduğu da kaydedildi.
