Aydın Dere'nin ağabeyleri Mahmut Dere ve Abdulkerim Dere tarafından Şubat ayında Malatya Cumhuriyet Başsavcılığı'na yapılan başvuru üzerine 12 yıl sonra yeniden açılan soruşturma, olayın Çanakkale'nin yetki alanında olmaması nedeniyle savcılığın yetkisizlik kararı vererek dosyayı İstanbul Özel Yetkili Cumhuriyet Başsavcı Vekilliği'ne gönderildi. Biri muvazzaf asker K.İ., B.K., ile Y.K. isimli 3 kişi ve Bursa Adli Tıp Kurumu görevlileri hakkında yapılan suç duyurusu ile başlatılan soruşturmada fail olduğundan şüphelenilen yüzbaşı ve diğer failler hakkında örgüt kurup, bu örgüt kapsamında suç işlemek kastı ile hareket ettiğine dair iddialar araştırılmaya başlandı. Bursa Adli Tıp Kurumu görevlileri hakkında ise Aydın Dere'ye yapılan ilk otopsi sonrası hazırlanan raporda bulunan çelişkilerle ilgili iddialar incelenmeye başlandı.
Aydın Dere'nin ağabeyi Mahmut Dere, kardeşinin Çanakkale'nin Gökçeada ilçesindeki askerlik görevini yaparken 31 Temmuz 2000 günü nöbet tuttuğu esnada piyade tüfeği ile intihar ettiğinin açıklandığını ancak intihara inanmadıklarını, öldürüldüğünü düşündüklerini belirtti. Ölüm sebebinin belirlenmesi için cenazenin Bursa Adli Tıp Kurumu'na gönderildiğini, burada da yanlışlarla dolu otopsi hazırlandığını savunan Dere, ilk otopsi raporunun ardından Bursa Kriminal Polis Laboratuarı'nın ise merminin sırttan girip sağ köprücük kemiğinden çıktığını rapor ettiğini anlattı. İki rapordaki çelişkiler üzerine askeri savcılığa müracaat ettiklerini bildiren Dere, savcılık tarafından bir yıl sonra kardeşinin Malatya'daki mezarının açıldığını ve cesedin İstanbul Adli Tıp Kurumuna gönderildiğini bildirdi. Burada hazırlanan raporda "Böylesi bir atışla ölümün intihar olamayacağı, bu kişinin böylesi bir şekilde kendisini vurmasının fiilen mümkün olmadığı" belirtildiğinin altını çizen ağabey Dere, ." Bu raporun ardından isteğimiz üzerine H'kim Yüzbaşı-Yrd. Askeri Savcı Erhan Ermişoğlu imzasıyla bir rapor hazırlandı. Bu raporda da olayın intihar olmadığı belirtildi. Raporda "Ölüme neden olan bu atış, bitişik atış mesafesinden yapılmıştır. G-3 tüfeğinin ölenin kendisi tarafından tetiğe basılarak patlaması halinde cesette saptanan ateşli silah mermi çekirdeği giriş yarası ve trajesinin oluşmasının tıbben varit görülmediği oy birliği ile mütalaa edilmiştir. İstanbul Adlî Tıp Kurumu Başkanlığı'nın ekspertiz raporu ile tespit edilen mermi giriş ve çıkış yerleri ile şu ana kadar elde edilen deliller birlikte değerlendirildiğinde müteveffanın tıbben ve fiilen kendi kendisine ateş etmesinin mümkün olmadığı, bir başkası tarafından kendisine ateş edilmiş olabileceği ancak bu şahsın tespitinin de şu ana kadar mümkün olmadığını belirtiriz." ifadeleri dikkat çekiyor." dedi.
Mahmut Dere, İstanbul Özel Yetkili Cumhuriyet Başsavcı Vekilliği tarafından 19 Mart tarihinde yeni bir soruşturma açıldığını dile getirdi. Yıllar sonra açılan soruşturmanın kendileri için bir umut olduğunu vurgulayan Dere, "Biz olayın ardından hemen intihar denilmesi, Bursa Adli Tıp Kurumu'nun yanlışlarla dolu raporu nedeniyle şüphelenerek girişimlere başladık. Savcılık yeni bir soruşturma açtı. Olayın aydınlığa kavuşmasını temenni ediyoruz." diye konuştu.
