1993-94 Eğitim-Öğretim yılında Fen Edebiyat Fakültesi, Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu ile Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, 1994-95 Eğitim-Öğretim yılında Biga İ.İ.B. Fakültesi, Ayvacık, Bayramiç Meslek Yüksekokulu), Çan, Ezine, Gelibolu ve Yenice Meslek Yüksekokulları ile Fen Bilimleri ve Sosyal Bilimler Enstitüsü, 1995-96 Eğitim-Öğretim yılında Ziraat, Su Ürünleri, İlahiyat ve Mühendislik-Mimarlık Fakülteleri, 1996-97 Eğitim-Öğretim yılında Sağlık Yüksekokulu, 1998-99 Eğitim Öğretim yılında Gökçeada Meslek Yüksekokulu 2000-01 Eğitim Öğretim yılında da Lapseki Meslek Yüksekokulu açılarak öğretime başlamışlardır.Ayrıca 1997 yılında kurulan ve ilk öğrencilerini 2000-01 Eğitim-Öğretim yılında alan Güzel Sanatlar Fakültesi ve 7 Ağustos 2000 tarihli resmi gazetede yayınlanan Bakanlar Kurulu kararı ile kuruluşunun yasal sürecini tamamlayan Tıp Fakültesi, 2011 yılında Bakanlar Kurulu kararıyla açılan İletişim Fakültesi ve Biga Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu, 2012'de açılan Mimarlık ve Tasarım Fakültesi, Çan Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu ve Çanakkale merkezde açılan İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ile 2013'te kurulan Çanakkale Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Fakültesi ile 12 Fakülte, 13 Meslek Yüksekokulu, 7 Yüksekokul, 4 Enstitü ile beraber Üniversite toplam 36 eğitim birimine sahiptir.Üniversitenin kısaltması ÇOMÜ'dür. 2013 yılı itibariyle 1.700 akademik personeli ve 42.500 öğrencisi vardır.