Org. Bekir Kalyoncu'nun adını ilk defa Savcı Zekeriya Öz'ün Genelkurmay Başkanlığı'na yazdığı yazıda duymuştum. 9 Temmuz 2008'de Öz, 7. Kolordu Komutanı Bekir Kalyoncu'nun, Kuzey Deniz Saha Komutanı Ali Feyyaz Öğütçü'nün, Tümamiral Ali Deniz Kutluk'un, Tuğamiral Cem Gürdeniz'in ve albay Serdar Okan Kırçiçek'in isimlerinin Ergenekon kapsamında tutuklanan kişilerin ifadelerinde geçtiğini belirterek, Genelkurmay'dan bilgi istemişti. Genelkurmay ne bilgi gönderdi bilemiyorum ama Kalyoncu hariç, diğerleri çeşitli davalardan halen yargılanıyor. Jandarma Genel Komutanlığı sırasında Kalyoncu'nun yayınladığı 2012 faaliyet raporunda, ülke bütünlüğüne yönelik tehditlerin arttığını ve iç güvenliğin sağlanmasının öncelik kazandığını belirtmesi de, AK Parti yetkilileri tarafından hoş karşılanmamıştı. İşte bu sebeplerden dolayı, hükümet, Kalyoncu'nun Kara Kuvvetleri Komutanlığı'na, oradan da Genelkurmay Başkanlığı'na gelmesine sıcak bakmıyor.