25 Haziran 1983 tarihinde Brezilya'nın Belo Horizonte bölgesinde dünyaya gelen Cristian Baroni, Brezilya Serie A takımlarından Corinthians'ta forma giyiyordu. Brezilya'nın en iyi defansif orta sahalarından birisi olarak tanınan Cristian üstün top tekniği ve mücadeleci karakteriyle tanındı. Uzaktan sert şutlarla etkili olabilen başarılı orta saha oyuncusu aynı zamanda golcü kimliğine de sahipti. Birçok mevkide başarılı olabilen Baroni, Brezilya'da Corinthians takımının orta sahada yükünü sırtlayan isim olarak nitelendiriliyordu.

Futbol kariyerine Brezilya'nın Atletico Paranense takımında başlayan 27 yaşındaki orta saha oyuncusu bu kulüpte forma giydiği 57 maçta 6 gol kaydetti. 2007 – 2008 yıllarında Atletico Paranaense takımından CR Flamengo'ya kiralık olarak giden Cristian 45 maçta görev aldı ve fileleri 2 kez havalandırdı. 2008 yılının sonunda Corinthians takımına transfer olan başarılı orta saha oyuncusu 13 maçta 90 dakika forma giydi ve 2 gol kaydetme başarısını gösterdi. Brezilya Serie A Ligi'nde toplamda 60 maçta forma şansı bulan Cristian 4 gole imza atarken, 4 de asist yaptı. Defansif anlamda agresif bir görünüm çizen Cristian'ın buna rağmen faul problemi bulunmuyor. 29 yaşındaki oyuncu profesyonel kariyeri boyunca sadece 1 kez kırmızı kart gördü. Cristian 2005 yılında Brezilya Kupası'nı, 2008 yılında Taça Guanabara, Rio Janeiro şampiyonasını ve Serie B şampiyonluğunu kazanırken, Corinthians ile Paulista Ligi'nde zafere ulaştı.

20 Temmuz 2009 tarihinde sol kanat oyuncusu Andre Santos ile birlikte Brezilya'nın Corinthians takımından 5 milyon euro karşılığında Fenerbahçe'ye transfer edilmiştir. İki oyuncu ile de 5'er yıllık sözleşme imzalanmıştır. İlk maçına 2 Ağustos 2009'da takımının Beşiktaş ile oynadığı Süper Kupa maçında çıkmıştır. İlk sezonunda 38 maça çıkmıştır 3 de gol atmıştır.

Cristian 2010-11 sezonundaki ilk maçına Young Boys ile Şükrü Saraçoğlu Stadyumu'nda oynanan UEFA Şampiyonlar Ligi 3. tur ön eleme maçında çıktı. Ancak maçı Fenerbahçe 1-0 kaybetti.

11 Ağustos 2012 Cumartesi gününde ilk defa Brezilya Milli Takım Aday Kadrosunda yer almıştır. Cristian Baroni 4 Ekim 2012 tarihinde oynanan UEFA Avrupa Ligi maçı olan Borussia Mönchengladbach deplasmanında 4-2 kazanılan maçta biri frikikten olmak üzere 2 gol atarak yıldızlaşmıştır. Alex takımdayken defansif ortasaha ya da ortasahada görev alırken Alex gidince onun yerinde oynamaya başlamıştır. Fenerbahçe takımında aynı zamanda frikikleri kullanmaktadır. Baroni 6 Aralık 2012 tarihinde oynanan İstanbul Büyükşehir Belediyespor maçında takımının 2-1 kazandığı maçta, ilk golü kaydetmiştir. Baroni 19 Aralık 2012 tarihinde oynanan Ziraat Türkiye Kupası'nda Sivasspor maçında oyuna 65. dakikada girerek 2 gol atmıştır.Ve takımının 2-0 kazanmasında büyük pay sahibi olmuştur. Daha sonra Spor Toto Süper Lig'de Kadıköy'de ağırladığı Eskişehir'e tek gol atarak takımına galibiyeti getiren kişi olmuştur.