Savunmaya olan katkısıyla ön plana çıkan Zokora, kariyerine Fildişi'nde ASEC Mimosas takımı altyapısında başladı. Zokora 1999'da Belçika'nın Racing Genk takımına transfer oldu.


Genk'te 1999-2004 arasında görev yapan oyuncu, burada 126 lig maçında 1 gole imza attı. Zokora, Genk ile 2002'de lig şampiyonluğu yaşadı. 2004-2006 yıllarında Fransa'da Saint Etienne forması giyen Zokora, 66 lig maçına çıktı ve 2 gol kaydetti.

2006 yazında Dünya Kupası'nda Fildişi ile sergilediği performansın ardından Premier Lig ekiplerinden Tottenham Hotspur ile anlaşan Zokora, burada 88 lig maçına çıktı.

Zokora, 2008'de Tottenham ile Curling Cup'ı kazandı ve 2009'da da finalde yer aldı. Penaltı atışlarına uğursuzluk getirdiğine inandığı için bakmayan Zokora, 2009'da La Liga ekiplerinden Sevilla'ya transfer oldu.

Sevilla'daki ilk senesinde takımının ligi 4'üncü tamamlayarak Şampiyonlar Ligi'ne katılmasında önemli rol oynayan tecrübeli futbolcu, Sevilla'da 70 lig maçında forma giydi.

Zokora, 2 Haziran 2011'de Spor Toto Süper Lig takımlarından Trabzonspor ile dört yıllık bir anlaşma imzaladı.Türk kulübü Zokora için Sevilla FC'ye 5 milyon € ödeneceğini açıkladı.