MGK'nın, 2004 yılında yaptığı bir toplantıda "Fethullah Gülen'i bitirme kararı aldığı", bunun altında Cumhurbaşkanı Abdullah Gül ve Başbakan Tayyip Erdoğan'ın imzasının bulunduğu iddialarına dönemin karakutusu Başbakanlık Müsteşarı Ömer Dinçer'den yanıt geldi. Dinçer, "Hiçbir işlem yapmadan dosyasını kaldırdık. Hükümet bunu yaparak Ergenekonların, Balyozların hazırlandığı bir dönemde büyük bir risk almıştır. 9 yıl sonra bunu gündeme taşımak ahlaki değil" dedi. MGK'nın aldığı kararda dershaneler konusunun bulunmadığının da altını çizen Dinçer, "Özel okullar ve yurtlar vardır. Sanki bugün dershanelerle ilgili konunun o günkü MGK kararına dayandığına yönelik imaj doğru değildir. Tavsiye kararı özel okullara yöneliktir ama hükümet bu konuda tam da tersi tutum takınmıştır. Özel okulları teşvik etmektedir" dedi. AK Parti Ankara Milletvekili Yalçın Akdoğan da "hiçbir işlem yapılmamıştır" vurgusu yaptı
Kayıtdışı siyaset
MGK kararında Adalet Bakanı olarak imzası bulunan TBMM Başkanı Cemil Çiçek, Malatya Günleri'nde haberle ilgili "Karara tek başına imza atmamışımdır. Gerekli yerlerde konuşulmuş, Gerekenler imzalamıştır. Yazılana göre kayıt dışı siyaset var" dedi.