Özel Yetkili Mahkemeler'in kapatılmasının ardından yeniden yargılama taleplerini hangi mahkemelerin değerlendireceği konusundaki yetki karmaşası, Hâkimler ve Savcılar Yüksek Kurulu (HSYK) tarafından çözüldü. HSYK 1'inci Dairesi de Balyoz davasına İstanbul Anadolu 4. Ağır Ceza Mahkemesi'nin bakmasına karar verdi. İstanbul'daki Askeri Casusluk Davası'nda yeniden yargılama taleplerine ise İstanbul 21. Ağır Ceza Mahkemesi bakacak. Aldıkları ceza Yargıtay'da bozulan sanıklar da yine aynı mahkemede ikinci kez yargılanmaya başlayacak.