Paralel Yapı'nın siyasi davalardaki kumpasını araştıran İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı gözardı edilen ihmal ve suç şüphelerini yeniden incelemeye başladı. Cumhuriyet gazetesi binasına 5, 10 ve 11 Mayıs 2006'da 3 kez el bombası atılmıştı. İlk bombayı Tekin Irşi, ikinci bombayı İsmail Sağır, son bombayı ise avukat Alparslan Arslan attı. İlk iki bomba patlamazken, Arslan'ın attığı bomba büyük bir gürültüyle patladı, ancak can kaybı yaşanmadı. 6 gün sonra Arslan'ın Danıştay'a düzenlediği silahlı saldırıda 2'nci Daire üyesi Mustafa Yücel Özbilgin ölürken Daire Başkanı Mustafa Birden ile 3 kişi yaralandı. Arslan ifadesinde Danıştay'a, başörtüsünün kamu kurumlarında yasaklanması nedeniyle saldırdığını anlattı. Gazeteye ise başörtülü domuz karikatürüne tepki olarak bomba atıldığı iddia edildi. Dönemin özel yetkili savcıları eylemlerin arkasında Ergenekon'un oluğunu ileri sürdü. Mahkeme eylemlere karışanların yanı sıra emekli Tuğgeneral Veli Küçük ve emekli Yüzbaşı Muzaffer Tekin'e "azmettirme" suçundan iki kez müebbet hapis cezası verdi. Ancak olaylardaki sır perdesi tam aydınlatılamadı.
HEP AYNI PARALEL EKİP
Irşi'nin 20 Nisan 2010'da 1'inci Ergenekon davasında yapılan çapraz sorgusundaki ifadeleri tüm sürecin polis kontrolünde gerçekleştiğini ortaya koydu. Irşi, ilk bombadan itibaren polislerce takip edildiklerini ancak gözaltına alınmadıkları için diğer olaylara da rahat bir şekilde bulaştıklarını anlattı. Irşi Danıştay saldırısının ardından gözaltına alındıklarını kaydetti. Irşi'nin ifadeleri İstanbul 13'üncü Ağır Ceza Mahkemesi'nin tutanaklarına geçti. Ancak, Paralelci savcılar Zekeriya Öz, Fikret Seçen ve Ercan Şafak iddiaların üzerine gitmedi. Olayların yaşandığı sıralarda, 8 Mayıs 2006'da Ramazan Akyürek, 3 yıldır yaptığı Trabzon Emniyet Müdürlüğü görevinden Emniyet Genel Müdürlüğü İstihbarat Daire Başkanlığı'na atandı. Ali Fuat Yılmazer Merkez C Şubesi'nde, Ahmet İlhan Güler de İstanbul İstihbarat Şube Müdürlüğü'nde görevliydi. Bu kişiler Dink suikastından da soruşturuluyor. Paralel Yapı'nın siyasi davalardaki kumpasını araştıran İstanbul Cumhuriyet Savcılığın, Hrant Dink soruşturmasında olduğu gibi Danıştay ve Cumhuriyet gazetelerine saldırı yapanların yeniden ifadelerine başvurması bekleniyor.
