Genelkurmay Başkanlığı, TSK'nın paralel yapıyla mücadelede elini taşın altına sokmadığı şeklindeki eleştirilere, 22 Kasım 2014'te yayımladığı açıklamayı tekrar yayımlayarak yanıt verdi. Açıklamada "Türk Silahlı Kuvvetleri; ulusal güvenliğimize yönelik her türlü tehlike ve tehdidi büyük bir dikkatle izlemektedir. Türk Silahlı Kuvvetleri; hiçbir legal görünümlü illegal yapılarla ve illegal tüm odaklarla, irtibat ve işbirliği içinde olmamıştır. Bundan sonra da olmayacaktır" ifadesi yer aldı. TSK açıklamayı ilk olarak "22 Kasım 2014'te yayımlamıştı. Açıklamanın ikinci kez yayımlanması ise basında yer alan iddialar oldu. Son olarak Soner Yalçın, Sözcü'de yer alan "Cemaatçi genç subaylar rahatsız" başlıklı dünkü yazısında, 25 yıl Cemaat içinde kalan Prof. Dr. Ahmet Keleş ve Latif Erdoğan'ın Paralel Yapı'nın TSK içindeki etkinliğini konu alan ifadelere yer vermişti.