İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'nca, "FETÖ ve PKK terör örgütlerine üye olmamakla birlikte örgüt adına suç işlemek" iddiasıyla başlatılan soruşturma kapsamında, şüpheliler hakkındaki bazı suçlamaları şöyle sıraladı:
Cumhuriyet gazetesi, manipülasyon ile gerçeği perdeleyip, FETÖ'nün amacına uygun hareket ederek, iç kargaşa çıkartmaya ve ülkeyi yönetilemez hale getirmeye yönelik haberleri yayımladı.
Ergenekon soruşturması sürecinde FETÖ defalarca Cumhuriyet gazetesini hedef aldı. Ancak 17-25 Aralık olaylarının ardından Ergenekon savcıları, Cumhuriyet gazetesinde haber oldular. Şüphelilerden Can Dündar'a röportaj verdiler. Yayın çizgisi farklı olan gazete, bu tarihten sonra FETÖ kaynaklı haberleri manşetine taşıyarak, terör örgütlerinin PR'si anlamına gelecek yayınlar yaptı.
Bu değişim süreci, İlhan Selçuk ve Mustafa Balbay sonrasına denk geldi. Balbay'ın gazetedeki yazılarına son verildi.
Darbe girişiminin hemen ardından gazete, halkın askerlere karşı direnişini "kaos" olarak nitelendirdi.
AKIN ATALAY'IN PAYLAŞIMLARI
Akın Atalay, "Zaman gazetesinin yönetiminin kayyuma devredilmesi hukuksuzdur... Koza İpek Grubu'na kayyum atanmasının anlamı şudur: Önce idam edelim, daha sonra yargılarız" açıklamalarıyla FETÖ'ye destek verip illegal girişimleri meşrulaştırmaya çalışmıştır.
ÇETİNKAYA'NIN 'U' DÖNÜŞÜ
Şüphelilerden Hikmet Çetinkaya 1-9 Mart 2004'te kaleme aldığı "Gülen'in serüveni" başlıklı yazı dizisinde, FETÖ'ye ağır eleştiriler getirdi. Gülen de söz konusu yazıya tekzip yayımladı. Çetinkaya 31 Ekim 2015'te Zaman gazetesine verdiği röportajda ise "40 yıldır izliyorum Gülen hareketi terör örgütü değildir" diyerek FETÖ ile yakınlaştı ve işbirliği yaptı.