Keşenipor Mensucat Santral Anadolu Lisesi'nin eski halinde olduğu dönemlerde yani ilköğretim iken orada okumuş oradan Şehremini Lisesi'ne geçti.

Zeytinburnu'nda oynarken parladı ve Galatasaray ile Fenerbahçe onu transfer etmek için rekabete girdi. 1996-1997 sezonunda daha 16 yaşındayken Galatasaray'da kadroya girmeye başladı. Her sezon biraz daha kendini göstererek A takımın ilk 11'inde yer buldu. Bu dönemde teknik direktörü Fatih Terim ile örnek aldığı takım arkadaşı Gheorghe Hagi sayesinde kendini çok geliştirdi. Takımının 4 sene üst üste şampiyon olmasında ve 2000 yılında UEFA Kupası'nı almasında büyük rol aldı.

2002 Dünya Kupası'nda 3. olan Türk Millî Futbol Takımı kadrosunda yer aldı. 14 Haziran 2005'de 8 milyon Dolar transfer ücretiyle Inter Milan'dan Newcastle United'a transfer oldu.

Mart 2004'de,Pele tarafından FIFA 100 Listesinde yaşayan en büyük 125 oyuncu arasında gösterildi.

Fenerbahçe
Temmuz 2008'de 4.5 milyon € bedelinde Fenerbahçe'ye transfer olarak Şükrü Saracoğlu Stadyumu'nda seramoni yapıldı. Tecrübeli olması nedeni ile Fenerbahçe'de geldiği ilk sezonda 2. kaptan oldu.

2009-2010
2009-10 sezonunda Galatasaray ile oynanacak maçta gol atıp gerçek Fenerbahçe'li olduğunu kanıtlamak istediğini dile getirdi ancak bu maçta sakatlığı nedeniyle forma giyemedi. Emre'nin Fenerbahçe'ye transfer olması birçok Galatasaray taraftarının "anti-Emre" pankartı açmasına yol açtı. Ancak Emre her zaman Fenerbahçe'ye hayranlık duyduğunu belirtti. İlk sezonda beklenenleri pek karşılayamayan Emre Fenerbahçe'deki ikinci sezonunda ise Süper Lig'de 2009-10 sezonunun en iyi futbolcusu seçildi. Emre orta sahanın her tarafında etkili bir oyun sergiledi. Tecrübeli ve hırçın olması sahadaki oyununu da olumlu etkiledi.

2010-2011
Fenerbahçe'deki 3. sezonu da 27 maçta forma giymiş 3 gol atıp 6 asist yaparak Fenerbahçe'nin Süper Lig şampiyonluğuna katkı yaptı.


Atlético Madrid 2012-2013
Emre Belözoğlu 31 Mayıs 2012 tarihinde yapılan resmi açıklamaya Atlético Madrid ile 2 yıllık sözleşme imzaladı. 31 Ağustos 2012 tarihinde Chelsea takımıyla oynanan ve 4-1 Atlético Madrid'in galibiyeti ile biten Süper Kupa maçı sonucunda Madrid ekibi kupayı müzesine götürdü. Emre böylece Galatasaray ile 2000 UEFA Süper Kupası'ndan sonra kariyerindeki ikinci Süper Kupa zaferini tatmış oldu. Atletico'ya geldikten sonra kendisi için ayrı bir öneme sahip olan 5 numaralı formanın dolu olmasından sonra Emre, Galatasaray'da ilk giymiş olduğu 21 numaralı formayı giydi.