1997 yılında antrenörlük lisansı almıştır.

25 Eylül 2001'de Eskişehir'in amatör takımlarından Eski Spor'da görev yaparak antrenörlük hayatına başlamıştır.

Ocak 2002 tarihinden, Mayıs 2008'e kadar Fenerbahçe ve Fenerbahçe A2 takımında antrenörlük yapmıştır.

2009'da Hacettepespor'da teknik direktör olarak görev almıştır.

2010-2011 sezonunda Polatlı Bugsaşspor'da teknik direktörlük görevinde bulunmuştur.

Önder Özen, 2012-2013 sezonunda Ntvspor'da yorumculuk yaptı ve yorumları kadar futbol bilgisi ve vizyonuyla da taraflı tarafsız bir çok futbolseverin dikkatini çekti.

2013 yılında itibaren Beşiktaş'ta futbol direktörlüğü görevine getirildi.