Eskişehir'in amatör futbol liglerinde mücadele eden Çiftelerspor'dan 2005 yılında Eskişehirspor'a transfer olan Alper Potuk, Fenerbahçe ile anlaşarak futbol kariyerine İstanbul'da devam edecek.
Afyonkarahisar'ın Bolvadin ilçesinde, 8 Nisan 1991'de fabrika işçisi baba ile ev hanımı bir annenin üç çocuğundan biri olarak dünyaya gelen Potuk, Eskişehir'in Çifteler ilçesinde 2002 yılında Çiftelerspor'un altyapısında futbola başladı.
Burada, Eskişehirspor ile yapılan bir maçta takımının tek golünü atan genç futbolcu, kırmızı-siyahlı yöneticilerin dikkatini çekti. Potuk, bu maçın ardından 2005 yılında Es-Es'lerin altyapısına transfer oldu.
Eskişehirspor'un 2008 yılında Süper Lig'e yükselmesinin ardından kendisine A takımda yer bulan Potuk, 29 Mayıs 2009'da, 2008-2009 sezonunun son haftasında, Gaziantepspor ile oynanan ve 1-1 biten karşılaşmada takımının formasını ilk kez giydi.
Spor Toto Süper Lig'in 2012-2013 sezonunda Eskişehirspor formasıyla 30 maça çıkan Alper, bu maçlarda 3 ol atıp, 8 de sarı kart gördü.
Potuk, 8 kez de Türkiye A Milli Futbol Takımı formasını giydi.
