Trabzonspor'un altyapısı 2012-2013 futbol sezonunda başarılı sonuçlarla dikkati çekti. İlk olarak Coca-Cola Elit Akademi 15 Yaş Altı Futbol Ligi'nde Trabzonspor, finalde Fenerbahçe ile karşılaştı. Karşılaşmadan 4-1'lik galibiyetle ayrılan bordo-mavililer, Türkiye Şampiyonluğu elde etti. Coca-Cola Elit Akademi 18 Yaş Altı Futbol Ligi'nde de Fenerbahçe ile dün finalde mücadele eden Trabzonspor, rakibini 4-2 yenerek Türkiye Şampiyonu oldu. Altyapısında iki Türkiye şampiyonluğu yaşayan bordo-mavili kulübün normal sezonun ardından dörtlü finallere kalan 17 Yaş Altı takımı Türkiye üçüncüsü, 14 Yaş Altı takımı da Türkiye dördüncülüğü başarısı gösterdi.
