Veziriazam, Sigetvar'ın fethi bahanesiyle Kütahya Sancakbeyi ve tahtın tek varisi olan Şehzâde Selim'e babasının öldüğünü bildiren bir mektup göndererek, şehzadeyi orduya çağırdı. Veziriazam padişahın ölümünü saklamaya devam etti. Daha sonra cenaze İstanbul'a götürülerek, Süleymaniye Camii'nin bahçesinde türbe için hazırlanan yere defnedildi.
II. Selim'in Belgrad'a yaklaştığı haber alınınca Veziriazam Sokollu Mehmed Paşa, askere maaş dağıttıktan sonra orduyu 20 Ekim 1566'da Sigetvar önünden Belgrad'a doğru hareket ettirmişti. Kanunî'nin cesedi gömüldüğü yerden çıkarılıp gizlice hazırlanan ceviz tabuta konuldu. Tabut bir arabaya konulup, otağ-ı hümâyûn kaldırıldıktan sonra ordu törenle yola çıktı. Bir süre yol alındıktan sonra veziriazam güvenli topraklara gelindiğini söyleyerek birkaç yüz asker ve saray ağalarını bırakıp askeri padişahın arabasının yanından uzaklaştırdı. Ardından da emir verdi ve hafızlar Kuran okumaya başladı. Hafızların Kuran okumasından durumu anlayan padişahın yakın çevresindeki görevliler başlarına siyah sarıklar giydiler. Haber dalga dalga yayıldı. Bütün ordu ağlayıp, dövünüyordu. Öyle bir an oldu ki, asker yürümeyi bıraktı. "Hay Sultan Süleyman Han" diye feryada başladı. Bunun üzerine Sokollu Mehmed Paşa, askerlerin yanına gidip. "Kardeşler, yoldaşlar niçin yürümezsiniz. Bunca yıllık İslâm padişahını Kuran ile uğurlayalım. Gaza ile Macaristan'ı İslâm ülkesi yaptı. Hepimizi ihsanlarıyla besledi. Karşılığı bu mudur ki, cesedini başımız üstünde götürmeyelim. Oğlu Sultan Selim Han padişahımız 17 gündür Belgrad'da sizi bekler. Merhum padişahımız bütün bahşiş ve zamlarınızı ona vasiyet etti. Hafızlar durmayın acımızın devası Kuran'dır" diyerek askeri sakinleştirdi.
II. Selim, Belgrad'da siyah kaftanla babasının cenazesini karşılamıştı. Kanunî'nin cenazesinin bulunduğu arabanın önünde II. Selim ve devlet adamları dualar ettiler. Daha sonra Kanunî'nin tabutu musalla taşına kondu. Burada ikinci defa padişahın cenaze namazı kılındı.
Kanunî Sultan Süleyman'ın cenazesi, İstanbul'da Şeyhülislâm Ebussuud Efendi tarafından üçüncü defa cenaze namazı kıldırıldıktan sonra Süleymaniye Camii'ndeki türbesinin inşa edilmesi düşünülen yere götürüldü. Türbe henüz yapılmadığı için mezarın üzerine bir çadır kurulmuştu. Kanunî, Mimar Sinan'ın nezaretinde hazırlanan mezarına gömüldü.
