Ankara 26. Ağır Ceza Mahkemesi'ndeki duruşmaya sanık Şen, tutuklu bulunduğu Çankırı Cezaevi'nden Ses ve Görüntü Bilişim Sistemi (SEGBİS) aracılığıyla katıldı. Cumhuriyet savcısının esasa ilişkin mütalaasına karşı savunma yapan Şen, iddianamede isnat edilen suçlamaları kabul etmediğini söyledi. FETÖ üyesi olmadığını, örgütsel bir bağının bulunmadığını öne süren Şen, iddianamede bu yönde somut delil bulunmadığını savundu.
Örgütün kriptolu haberleşme programı "ByLock"u kullandığına ilişkin dava dosyasındaki yazışma içerikleri ve tespitlerini kabul etmeyen Şen, söz konusu programı kullanmadığını iddia etti. Şen, suçsuz olduğunun yargılama aşamasında ortaya çıktığını savunarak, beraat talebinde bulundu.
Duruşmaya verilen aranın ardından kararını açıklayan mahkeme, sanık Şen'i "silahlı terör örgütüne üye olmak" suçundan 7 yıl hapis cezasına çarptırdı. Terörle Mücadele Kanunu'nun ilgili maddesi gereği yarı oranda artırıma giden mahkeme heyeti, cezayı 10 yıl 6 aya çıkardı. Ancak Şen'in duruşmalardaki iyi hali nedeniyle takdir hakkı kullanan heyet, cezayı 8 yıl 9 ay olarak belirledi. Hükümle birlikte sanığın tutukluluk halinin devamına karar verildi. Sanık Şen, FETÖ üyesi olduğu gerekçesiyle 2 Eylül 2016'da meslekten ihraç edilmişti.
