İstanbul'un fethinden sonra kiliseden camiye dönüştürülen, 1934'ten beri müze statüsünde olan Ayasofya'yla ilgili tartışmalar sürüyor. Son kararı Danıştay'ın vereceği tarihi yapının ibadete açılıp açılmayacağı merak konusu olurken, Orhan Gazi'nin 1331 yılında Bursa'nın İznik ilçesini fethi sonrası kiliseden camiye dönüştürdüğü, 2007 yılında müze olup Diyanet İşleri Başkanlığı'nın talebi üzerine Vakıflar Genel Müdürlüğü'nün 'olur'u ile 2011 yılında camiye çevrilen İznik Ayasofya'da 9 yıldır Müslümanlar namaz kılıyor.
İznik ilçe merkezinde, kentin tam ortasında ve iki ana ekseni oluşturan doğu-batı ve kuzey-güney yollarının kesiştiği yerin güneydoğu köşesinde bulunan İznik Ayasofya, İstanbul'daki Ayasofya'nın İbadete açılması tartışmaları ile birlikte yeniden gündeme geldi.
Pandemi süresi boyunca ibadete ara verilen İznik Ayasofya Orhan Camii'nde ilk Cuma namazı için bir araya gelen vatandaşların bir kısmı İstanbul Ayasofya'nın ibadete açılmasını desteklerken diğer bir düşünce de öncelikli olarak Ayasofya'nın hemen yanında bulunan Sultanahmet Camii'nin doldurması yönünde görüş bildiriyorlar.
Türkiye'de İstanbul'da 2, Trabzon ve İznik'te birer olmak üzere toplam 4 Ayasofya Camii bulunuyor. M.S 325'te İmparator Konstantinus, İstanbul'u (Bizantion) Bizans'ın Başkenti ilan ettiğinde Hıristiyanlığın ilkelerini belirleyecek ilk evrensel konsili de İznik'te (Nikaia) topladı. Bu sırada Ayasofya henüz inşa edilmemişti. Kesin yapım tarihi bilinmemekle birlikte 4.- 8. yüzyıllar arasında inşa edildiği tahmin edilen bazilika planlı Ayasofya Kilisesi, özellikle 787 yılında İznik'te toplanan 7. Ruhani Konsil ile ünlü. Ayasofya'da toplanan, 350 piskopos ve çok sayıda keşişin katıldığı 7. Konsil bütün Hıristiyanlarca kabul gören son konsildir ve bu inancın şekillenmesinde çok önemli rolü olmuştur. Bu nedenle Hıristiyan aleminde İznik kenti özel bir öneme sahiptir.
Evliya Çelebi 1058'de (1648) İznik'e uğradığında gördüğü Ayasofya'yı, "çarşı içinde üzeri kurşun örtülü, bir minareli büyük bir mâbed" olarak tarif ettikten sonra buranın yandığını ve Kanûnî Sultan Süleyman tarafından Mimar Sinan'a tamir ettirildiğini belirtir. İznik Ayasofyası'nın ikinci defa harap oluşunun sebebi ve kesin tarihi bilinmemektedir. Fakat İznik'ten geçen yabancı seyyahların ifadelerinden, XVIII. yüzyılın sonları ve XIX. yüzyılın başlarında caminin harap ve terkedilmiş durumda olduğu öğrenilmektedir. Nitekim J. von Hammer 1804 yılında İznik'e uğradığında Ayasofya'yı harap ve yarı yıkık durumda bulmuştur. Bu bilgiye göre mâbed hiç değilse XVIII. yüzyılın ikinci yarısından itibaren terkedilmiş olmalıdır. Bu bakımsızlık iki yüzyılı aşkın bir süre devam etmiş, Ayasofya'nın içi yeşillikler ve sarmaşıklarla kaplanmıştır.
Orhan Gazi tarafından İznik'in fethiyle 1331 yılında camiye dönüştürülen yapı, Kanuni Sultan Süleyman döneminde Mimar Sinan tarafından yenilenmiştir. 1935'lerde Alman Arkeoloji Enstitüsü uzmanları bazı sondajlar yapmışlar, 1953'te içindeki kalın toprak tabakası müzeler idaresince kaldırılmıştır. Son yıllarda duvarlarda bazı takviyeler yapılmış, içi ve etrafı temizlenmiş ve bina öylece muhafaza altına alınmıştır. 1979-1981 yıllarında çevresindeki topraktan arındırılan yapının bütünü ve 1985'te güney doğusundaki mezar şapeli olan ek yapısı ortaya çıkarılmıştır. Minareye çevrilen eski çan kulesi minare olarak restore edilmiş ve 2007'de Müze olarak hizmet vermeye başlanmıştır.
Mülkiyeti Orhan Gazi Vakfı'na ait olan ve günümüzde Orhan Cami olarak bilinen ve Diyanet İşleri Başkanlığı'nın talebini değerlendiren Vakıflar Genel Müdürlüğü'nün 'olur'un ardından tarihi yapı 2011 yılında camiye çevrildi.
Tarihi binanın önündeki 'Ayasofya Müzesi' yazılı tabela da kaldırılarak yerine 'Ayasofya (Orhan) Camii' tabelası konuldu. İznik Müftülüğü tarafından imam ataması yapılan camide 9 yıldır ibadet yapılabiliyor.
