İstanbul Fatih'te Hoca Hayreddin Paşa mahallesinde doğdu. Babası İbrâilli Kadı İsmâil Hakkı Efendi, annesi Hatice Hayriye Hanım'dır. İlk öğrenimini aynı semtteki Hâfızpaşa İbtidâî Mektebi'nde yaptıktan sonra Fâtih Rüşdiyesi'ne devam ettiyse de rüşdiyeden mezun olamadı. Daha sonra Bahriye Haddehânesi'ne girdi. Bu arada 1874 yılında babasının vefatı üzerine Şeyhülislâm Kara Halil Efendi onu himayesine aldı. 1876'da Muzıka-yi Hümâyun'a girdi ve aynı yıl askerî fırka dîvânıharbinde jurnal çavuşluğu ile görevlendirildi. Daha sonra Yemen'e gönderilmek üzere teşkil edilen nişancı taburuna mülâzım rütbesiyle tayin edildiyse de annesinin arzusu üzerine askeriyeden ayrıldı.
Bu dönemde zamanın tanınmış âlimlerinden ders alarak kendisini yetiştirmeye başladı. Hocaları arasında, Fâtih Camii'nde İslâmî ilimlerle ilgili derslerine devam ettiği Karinâbâdlı Ömer Efendi, Ödemişli İbrâhim Efendi ve Şumnulu Hâfız İbrâhim Efendi'yi bilhassa zikretmek gerekir. Ayrıca yine Fâtih Camii'nde derslerine devam ederek kendisinden feyiz aldığı Köprülülü Mahmud Hoca'nın onun hayatında ayrı bir yeri olmuştur. 5 Şubat 1881 tarihinde Evkāf-ı Hümâyun Nezâreti Muhasebe Kalemi'nde göreve başladı. 1883'te buradan Bahriye Nezâreti'ne geçti. 1892 yılında hacca gitti ve üç buçuk ay Medine'de kaldı. Özellikle burada okuduğu Türkçe mevlid çok beğenilmiş ve hâfızalarda derin iz bırakan bir icra tarzı olarak kaynaklara geçmiştir. 21 Eylül 1900 tarihinde rütbe-i sâlise ile taltif edildi. 1905'te Erkân-ı Harbiyye Dairesi Kalemi'ne tayin edildi. 1914 yılında emekliye ayrıldı ve hemen ardından girdiği Defter-i Hâkānî İstanbul Kayıt Kalemi'nde uzunca bir süre görev yaptı.
Edhem Efendi'nin tasavvufî hayatı, bir Kādirî halifesi olan babasının vefatından sonra hocası Köprülülü Mahmud Efendi'ye intisabı ile başlar. Seyrüsülûkünü tamamladığı 1891 sonlarında hocasının vefatı üzerine Said Efendi adlı Bağdatlı bir zata biat etti ve ondan Nakşibendiyye icâzeti aldı. Hac dönüşü oturduğu mahallede Kādiriyye'den Çenezâde Dergâhı şeyhi Bağdatlı Mehmed Emin Efendi'ye intisap etti ve bu dergâhtaki müridlerin mânevî terbiyesiyle görevlendirildi. Emin Efendi'nin vefatı üzerine dergâhtan ayrıldıktan sonra 1916'da Fethiye civarında Kefevî Tekkesi'ne Kādirî şeyhi Arap Said Efendi'nin halifesi olarak vekâleten, bir müddet sonra da asaleten tayin edildi ve tekkelerin kapatılmasına kadar (1925) bu görevde kaldı. 1918'deki meşhur Fatih yangınında evi yanınca Çarşamba'daki Murad Molla Tekkesi'nde oturmaya mecbur oldu. 21 Şevval 1351 (17 Şubat 1933) tarihinde vefat etti ve Edirnekapı dışındaki mezarlığa defnedildi.
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi