Mörchingen'de doğdu. Orta öğrenimini bitirdikten sonra Berlin Üniversitesi'nde tanınmış Sinolog Otto Franke'nin ve Türkolog Wilhelm Bang'ın derslerine devam etti. Bang, Turfan kazılarında bulunan Uygur yazmaları üzerinde çalıştığından Gabain'in Çince bilgisinden faydalandı ve bu belgeleri birlikte yayımlayarak ilim âlemine tanıttılar. Gabain 1934 yılında Bang'ın ölümünün arkasından Türkiye'ye geldi ve 1935-1937 yıllarında Ankara Üniversitesi Dil ve Tarih-Coğrafya Fakültesi'nde Sinoloji profesörlüğü yaptı. Türkiye'den ayrıldıktan sonra Berlin Üniversitesi'nde Türk dili öğretimini üzerine aldı ve bu görevi II. Dünya Savaşı'nın bitimine kadar sürdürdü; savaştan sonra da Hamburg Üniversitesi'nde Türk dili profesörlüğüne tayin edildi.
Bang'ın ölümünden sonra hiç aksatmadığı Uygurca alanındaki çalışma ve yayımlarıyla Türkoloji çevrelerinde büyük bir ün kazanan Gabain 1957'de Türk Dil Kurumu'nun muhabir üyeliğine, 1989'da da şeref üyeliğine seçildi. 1973'te, Türkiye Cumhuriyeti'nin kuruluşunun ellinci yıl dönümü münasebetiyle Türk diline olan katkılarından dolayı kendisine Türk hükümeti tarafından şeref diploması verildi. Kurulmasında (1952) aktif rol oynadığı ve 1964-1976 yılları arasında başkanlığını yaptığı Societas Uralo Altaica'nın, çalışma alanına giren bilim dallarında milletlerarası bir kapsam kazanmasına katkıda bulundu ve bu çabalarından dolayı 1979'da derneğin şeref üyeliğine seçildi. Aralarında onu "Meryem Apa" (Meryem Ana) adıyla anan eski öğrencileri ve meslektaşları, doğumunun altmış ve sekseninci yıl dönümleri için iki armağan yayımladılar (Al Bitig [Ural-Altaische Jahrbücher, XXXIII], Berlin-Wiesbaden 1961; Scholia. Beiträge zur Turkologie und Zentralasienkunde. Annemarie von Gabain zum 80. Geburtstag am 4. Juli 1981 dargebracht von Kollegen, Freunden und Schülern Herausgegeben von Klaus Röhrborn und Horst Wilfrid Brands, 1981). Hayatının son günlerine kadar Türkoloji ilmine hizmet eden Gabain 15 Ocak 1993 günü Berlin'de öldü. Ölümünden sonra Ankara'da çıkan Türk Dilleri Araştırmaları dergisinin IV. cildi (1994) onun hâtırasına adandı.
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi