Ağalar Camii, önceleri Sarây-ı Cedîd olarak adlandırılan, çok yakın bir devirde ise Topkapı Sarayı diye tanınan büyük Osmanlı saray manzumesinin üçüncü avlusunda bulunmaktadır. Saray içindeki birçok cami ve mescidin en büyüğü olup Has Oda'nın yanında yer almaktadır. Reşat Ekrem Koçu buraya evvelce Hünkâr Camii denildiğini bildirmektedir. Camide saray hizmetini gören iç oğlanları, Enderûn-ı Hümâyun zülüflü ağaları namaz kıldığı için buraya daha sonra Ağalar Camii denilmiştir. Duvar tekniği, bu yapının Sarây-ı Cedîd'in ilk kuruluşundan yani Fâtih Sultan Mehmed devrinden kaldığını göstermektedir. Ağalar Camii, muhtemelen sarayın çekirdeğini teşkil eden Fâtih Köşkü yanında, onun müştemilâtı olarak yapılmış olup aslında daha küçük ve basık idi. Bir kapısının üstündeki 1136 (1723-24) tarihli kitâbeden ve duvar örgülerindeki farklardan, XVIII. yüzyılda Seyyid Mehmed Ağa'nın himmetiyle büyük ölçüde tamir gördüğü anlaşılmaktadır. Sultan II. Mahmud devrinde Yeniçeri Ocağı'nın kaldırılması kararının bu camide alındığı da söylenir. Camide 1881 yılına kadar namaz kılınırken daha sonra depo ve yemekhane yapılmış, üstünün kurşunları da alınarak yıkılmaya terkedilmiştir. 1925'ten itibaren başlayan büyük ve geniş çaplı bir tamir sonunda cami kurtarılarak kütüphane ve okuma salonu haline getirilmiştir. Sarayın çeşitli daire ve odalarındaki dolaplarda dağınık vaziyette duran yazma kitaplar, "Yeni Kütüphane" olarak adlandırılan bu binada toplanmıştır. Bu durumu anlatan 1928 tarihli bir kitâbe güneydeki bir kapı üstünde yer alır.
Ağalar Camii dikdörtgen planlı enine uzanan bir yapıdır. Harimi bir tarafından genişletilmiş, diğer tarafından da kapısında 1136 tarihli kitâbe bulunan ve şimdi okuma salonu olan mescid eklenmiştir. Herhalde ilk yapıldığında üstü ahşap çatı ve kiremit örtülü, sakıflı bir cami idi. XVIII. yüzyıl ortalarından sonra, üstü şimdi görülen ve Türk mimari geleneğine aykırı düşen büyük beşik tonoz ile kapatılmıştır. Önceleri Ekrem Hakkı Ayverdi, sonra da Aptullah Kuran tarafından teklif edilen kubbeli restitüsyon, inanılır bir sağlam dayanağa sahip değildir. Nitekim Ayverdi daha sonra bu görüşünden dönmüştür. Caminin dış duvar yüzlerinde taş ve tuğla dizileri kullanılmıştır. Alt sıradaki pencerelerin yuvarlak kemerleri, bunların XVIII. yüzyıl ortalarından sonra değiştirildiğini belli eder. Ağalar Camii'nin yanında şimdi okuma salonu olarak kullanılan mescidin duvarları güzel çinilerle süslenmiştir. Esas cami ile bitişiğindeki bu mescidin arkasında bulunan ve belirli bir mimarisi olmayan mekâna ise Altınyol'dan ulaşılıyordu. Burası da hareme mahsus bir namaz kılma yeri idi. Anlaşıldığına göre Ağalar Camii eskiden Sarây-ı Cedîd'in esas merkez camisi hüviyetine sahipti.
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi