Medrese, türbe ve sebilden ibaret olup eski Kırkçeşme mahallesinde Bozdoğan su kemerinin Haliç tarafında bulunmaktadır. Bânisi, 23 Receb 1011'de (6 Ocak 1603) idam edilen, III. Mehmed'in kapı akağalarından Macar asıllı Gazanfer Ağa'dır. Dâvud Ağa'nın Hassa başmimarı olduğu yıllarda inşa edildiğinden onun tarafından yapıldığı tahmin edilmektedir.
Ekrem Hakkı Ayverdi'nin tesbitlerine göre, Ankara'da Vakıflar Genel Müdürlüğü kuyûd-ı kadîmesinde 571 sayılı İstanbul Sânî Vakfiye Defteri'nin 11 ve 12. sayfalarında, Kapıağası ve Odabaşı Gazanfer Ağa b. Abdurrahman'ın "evâhir-i cemâziyelûlâ 1004" (Ocak 1596) tarihli vakfiye sûreti bulunmaktadır. Burada, "Kırkçeşme denmekle mâruf bir mahall-i latîfte dört yol ağzında on yedi adet hücreyi ve dershâneyi müştemil... bir medrese-i şerîfe bina ettiler" denildikten sonra medreseye bitişik olarak, "Dört yol ağzında makbûl-i cumhûr ve matbû-i ehl-i şuûr bir sebîl-i bî-adîl bina ettiler" cümleleriyle sebilin de külliyeye eklendiği bildirilir. Vakfiyeden ayrıca, Gazanfer Ağa'nın Gediz'de cami ve sıbyan mektebiyle Üsküdar'da çeşmeler vakfettiği, kendisi için külliyesi yanında bir de türbe yaptırdığı öğrenilmektedir. Ayasofya Camii yanında ve Alemdar Yokuşu kenarındaki Câfer Ağa (Soğuk Kuyu) Medresesi Mimar Sinan tarafından yapılırken bânisinin 964 Zilhiccesinde (Ekim 1557) ölümü üzerine yapı Gazanfer Ağa adlı bir kişi tarafından 967'de (1559-60) tamamlatılmıştır. Bunun Kırkçeşme'deki külliyenin bânisiyle aynı kişi olduğu kabul edilirse de iki yapının inşası arasındaki otuz yılı aşkın süre bu hususta şüphe uyandırmaktadır. Halbuki İstanbul'un Anadolu yakasında Haydarpaşa çayırı yakınında eski Bağdat yolu kenarındaki Ayrılık Çeşmesi ve Namazgâhı'nın da ilk kurucusunun bu külliyenin bânisi Gazanfer Ağa olduğunda şüphe yoktur. Ayrıca bu zat Otakçılar Mescidi'ni ihya ettirerek yanında bir kuyu ve sebil vakfetmiştir.
Haliç kıyılarından başlayıp Marmara'ya doğru uzanan büyük yangınlarda zarar gören külliye 1782 yangınında harap olmuş, fakat derhal tamir edilmiştir. 13 Rebîülâhir 1286 (23 Temmuz 1869) tarihli İstanbul medreseleri listesine göre içinde yirmi beş kişi barındıran bu medrese, 20 Ağustos 1330'da (2 Eylül 1914) yazılan bir raporda, "Otuz kişi ikamet edebilir" kaydıyla zikredilmiştir. Aynı yazıda medresenin durumu oldukça ayrıntılı biçimde verilmiştir: "Zemine muttasıl ve yenice tamir olunmuş on dört odası olup arka pencereleri olmakla cereyân-ı havâya müsaitçe ise de tarz-ı inşâsından nâşi nüfûz-ı ziyâya pek de müsait olmadığı gibi, şehrin su kemerleri ittisâlinde olduğundan ziyade râtıb bir haldedir. Odalar ikişer kişi alır, gusülhâne ve çamaşırhânesi muhtâc-ı ta'mîrdir. Abdesthâneleri kâfi ve tamir olunmuştur. Müsait vüs'atte bir avlu, ders okunur bir dershâne ve tulumba ile işler bir şadırvanı mevcuttur. Bazı mahalleri tamir ve fennen bazı tâdilât ve ıslahat ile zararsız bir medrese olur ise de yanındaki su kemerleri sebebiyle medreseyi rutubetten kurtarmak müşkül olduğundan talebe iskânında nazar-ı ehemmiyyete alınmak lâzımdır." Bu rapora 1332 r. (1917), 1334 r. (1919) ve 1336 r. (1920) yıllarındaki kadrosuyla ilgili derkenarlar da ilâve edilmiştir. Bu kayıtlardan, külliyenin, 1908 yılı Ağustosundaki büyük yangında bütün çevresi harabe haline geldikten sonra tekrar kullanılır duruma getirildiği anlaşılmaktadır.
Cumhuriyet döneminde medreseler kapatıldıktan sonra yıkılmaya bırakılan külliye, Lütfi Kırdar'ın İstanbul vali ve belediye başkanlığı yıllarında açılan yeni Atatürk Bulvarı'nın tam kenarında kaldığından bütün perişanlığı ile meydana çıkmıştı. Bulvarın iki tarafına rastlayan Sekbanbaşı, Revânî Çelebi, Yahya Güzel mescidleri, Kırkçeşmeler gibi pek çok tarihî eserin arsalarını kazanmak için yıktırılıp ortadan kaldırılmasına karşılık bu külliye kurtulmuş ve 1943-1944 yıllarında Ekrem Hakkı Ayverdi tarafından tamir edilmiştir. İstanbul Belediyesi burayı Şehir Müzesi olarak düzenlemiş ve İstanbul'a dair çeşitli eserleri teşhir etmiştir. Belediye Başkanı Bedrettin Dalan döneminde bu eserlerin bir kısmı Yıldız Sarayı'ndaki mekânlara taşınmış ve boşalan Gazanfer Ağa Medresesi Karikatür ve Mizah Müzesi olarak yeniden düzenlenmiştir. 1994'te bu müzenin de kapatılmak istenmesi üzerine baş gösteren tartışmalar sonunda burası müze halinde bırakılmıştır.
Gazanfer Ağa Külliyesi, XVII. yüzyıldan itibaren yaygınlaşmaya başlayan, bir camiye bağlı olmaksızın yapılan başlı başına medreseden ibaret küçük külliyelerin ilk örneklerindendir. Kovacılar caddesi üzerindeki esas girişi küçük bir dış avluya açılır. Burada Gazanfer Ağa'nın çokgen biçimindeki türbesi yükselir. Bu dış avlu duvarının sol köşesinde ve bulvarın kenarında sebil bulunur. Ayrıca avlunun içinde türbelerin etrafında, en eskisi 1025 (1616) tarihli olan on kadar kabirden meydana gelen küçük bir de hazîre vardır.
Bu ön avludan, ikinci bir cümle kapısından geçilerek ulaşılan medrese kısmı muntazam bir plana sahiptir. Sebilin arkasına yerleştirilen abdesthaneler dışında, ortadaki baklavalı başlıklı mermer sütunlara sahip revaklı bir avlunun etrafında talebe hücreleri sıralanır. Ortasındaki şadırvan 1943-1944 tamirinde yapılmıştır. Evvelce burada bir şadırvanın bulunup bulunmadığı bilinmemektedir. Girişin tam karşısında üstü kubbe ile örtülü, kare planlı mescid-dershane yer alır. Bunun mukarnaslı bir mihrabı vardır. Kubbeli hücrelerin her birinde bir ocakla dolaplar bulunur. Bu odalar hem avludan hem de dış duvarlara açılan pencerelerden hava ve ışık alır. Muntazam planlı Osmanlı medreselerinde olduğu gibi köşelerdeki hücrelere geçiş şevli girişlerle sağlanmıştır. Ancak güneyde bulvar tarafındaki hücrenin arkasına ilâve edilen bir hücreye geçiş önündeki odadan mümkün olmaktadır. Medresede plan bakımından yalnız on beş hücre bulunmasına karşılık vakfiyesinde on yedi hücreden söz edilmesine bir anlam verilememiştir. Dershaneyi ve helâları da Ekrem Hakkı Ayverdi'nin düşündüğü gibi mevcut sayıya katmak ise mümkün değildir.
Gazanfer Ağa'nın külliyenin ikinci unsurunu teşkil eden türbesi, dış avlunun kuzeybatı köşesinde kesme taş kaplı onikigen planlı kubbeli bir yapıdır. İçi iki sıra pencere ile aydınlanmıştır. Alt sırada ayrıca pencere aralarında dolaplar vardır. İçinde pencerelerin üstlerinde kalem işi nakışların kalıntıları görülür. Burada Gazanfer Ağa'nınkinden başka iki de kadın sandukası bulunmaktadır.
Külliyenin dış avlu duvarının kuzeydoğu köşesinde bulunan sebil sekiz köşeli olup bunların beşi dışarı taşar. 1943 yılı tamirine kadar çok harap durumda iken bu tarihte üzerine geniş bir saçak yapılmıştır. Şebekelerin aralarında çift renkli taşlardan işlenmiş sivri kemerleri taşıyan, mukarnaslı başlıklı mermer sütunlar vardır. Kemer içinde taştan oyma kafesler bulunur. Altlarındaki şebekeler ise tunç dökümdür. Sebilin içinde bir de kuyu ağzı mevcuttur. Kubbesinde ise malakârî süsleme vardır. İstanbul'un klasik Osmanlı medreselerinin en güzellerinden olan Gazanfer Ağa Medresesi yer seçimi bakımından talihsiz bir yapı olmuştur. Öğleden sonra güneşini tamamen engelleyen Bozdoğan Kemeri'nin çok yakınında inşa edilmiş olması onu rutubetli bir yapı durumuna sokmuştur.
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi