Defterdar Âtıf Mustafa Efendi, önce 1146 (1733) ve 1153'te (1740) hazırlattığı vakfiyelerle kütüphanenin gelir kaynaklarını temin etmiş, 1153-1154 (1740-1741) yıllarında düzenlediği birkaç vakfiye ile de kütüphanenin kuruluşunu gerçekleştirmiştir.
Kütüphanenin personeli ve işleyişiyle ilgili Receb 1154 (Eylül 1741) tarihli vakfiyeden öğrendiğimize göre, Âtıf Efendi Kütüphanesi'nde üç hâfız-ı kütüb, bir şeyhülkurrâ, bir suyolcu, bir mücellit ve bir marangoz görevlendirilmişti. Kütüphanenin yanında yaptırılan evlerde oturmaları şart koşulan hâfız-ı kütüblerin haftada beş gün sabahtan akşama kadar görev başında bulunmaları istenmekteydi. Hâfız-ı kütüblere, kütüphaneciliğin dışında, kütüphanede cemaatle kıldırılacak namazlarda imamlık, müezzinlik gibi ek görevler de verilmişti. Kütüphane vakfiyesinde günlük 12 akçe ücret alacak bir şeyhülkurrâ da tayin edildiği belirtilmekte, ancak kütüphanede düzenli bir eğitim yapılacağını gösteren başka herhangi bir kayıt bulunmamaktadır.
Âtıf Efendi Kütüphanesi'nde değerli eserlerden meydana gelen zengin bir koleksiyon mevcuttu. Âtıf Efendi'nin kayınbiraderi Darphâne-i Âmire Başkâtibi Hacı Ömer Efendi'nin 1119 (1707) yılında vakfedip ölümüne kadar Soğanağa'daki evinde saklanan kitapları da 1156'da (1743) bu evin satılması üzerine Âtıf Efendi koleksiyonuna katılmıştır. Şeyhülislâm Veliyyüddin Efendi de 1175 (1761) tarihinde bu kütüphaneye 150 eser vakfedip hâfız-ı kütüblerinin de ücretlerine bir miktar zam yapmış, fakat daha sonra (1182/1769) bu vakıftan vazgeçmiş ve bu kitapları Beyazıt Camii'nin sağ tarafına bitişik olarak yaptırdığı kütüphanesine koydurmuştur. M. Zeki Pakalın'ın ailesi tarafından 1973 yılında bağışlanan zengin kitap koleksiyonu da bu kütüphanede ayrı bir bölüm olarak muhafaza edilmektedir. Bugün Âtıf Efendi Kütüphanesi'nde toplam 2775 yazma eser bulunmaktadır.
Âtıf Efendi Kütüphanesi'nde birçok eserin tek veya nâdir nüshalarının yanında önemli sayılabilecek sayıda müellif hattıyla yazılmış veya meşhur âlimler tarafından istinsah edilmiş kitaplar da mevcuttur (bu tür eserlerin bir değerlendirmesi için bk. Sezgin, s. 139-144).
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi