Vakıflar Genel Müdürlüğünden yapılan yazılı açıklamada, kamuoyuna "Müftülüğün Vakıflar Bölge Müdürlüğü ile anlaşması gereği camiye lavabo ve pisuvar yapıldığı" yönünde yansıyan bilgilerin doğruyu yansıtmadığı belirtildi.
Açıklamada, Vakıflar Genel Müdürlüğünün, son 10 yılda 4 bini aşkın vakıf eserinin restorasyonunu gerçekleştirdiği, yürütülen restorasyon çalışmalarının Koruma Kurullarının onayladığı projeler doğrultusunda uygulandığı, onarım kapsamında yapılan her işin Bilim Kurullarınca denetlendiği vurgulandı.
Kocaeli'nin Gebze ilçesinde Çoban Mustafa Paşa tarafından yaptırılarak vakfedilen ve mülkiyeti Vakıflar Genel Müdürlüğüne ait caminin restorasyonuna ilişkin bilgilerin verildiği açıklamada, şunlar kaydedildi:
"Külliyenin restorasyonu Genel Müdürlüğümüzce 2011-2014 yıllarında gerçekleştirilmiş ve eser, 2 Ocak 2015 tarihinde hizmete açılmıştır. Külliyenin onarımı kapsamında caminin, fil ahırlarının, hazirelerin, türbenin onarımı Genel Müdürlüğümüzce gerçekleştirilmiş ve çevre düzenlemesi yapılarak hizmete açılmıştır. Kalan bölümlerde (tuvaletler dahil) ilgili Kültür ve Tabiat Varlıkları Koruma Kurulunca onaylanan projeler doğrultusunda restorasyonun yapılması kaydıyla Diyanet İşleri Başkanlığına tahsisi Vakıflar Meclisinin 11 Ocak 2011 tarih ve 16/31 sayılı kararıyla uygun görülmüştür. Söz konusu yerlere protokol gereğince Gebze Müftülüğü aracılığı ve Koruma Kurulu Kararı ile işlem yapılmaktadır. Esere sonradan eklenen pisuvarlar, Genel Müdürlüğümüzün bir uygulaması değildir."
Açıklamada, proje dışı uygulamanın belirlenmesinin ardından ilgili bölge müdürlüğüne ivedi olarak Gebze Kaymakamlığına Çoban Mustafa Paşa Külliyesi'nin tescilli eski eser olduğu ve yapılacak her müdahalenin ilgili Kültür ve Tabiat Varlıkları Koruma Kurulunca onaylanan projeler doğrultusunda yapılması gerektiği hususunun hatırlatıldığı belirtildi.
Tahsis protokolü kapsamındaki kısımlarda restorasyon projeleri doğrultusunda bir uygulama yapılmadan önce kuruma bilgi verilmesi istendiği ifade edilen açıklamada, şunlara değinildi:
Yapılan çalışmanın Genel Müdürlüğümüz ve Bölge Müdürlüğümüze bilgi verilmeksizin gerçekleştirildiği ve proje dışında bir uygulama olduğu belirtilmiştir. Tarihi dokuya uygun olmadığı gibi, Genel Müdürlüğümüzce hazırlanan onaylı projelerde de yer almayan pisuvarlar, 4 Ocak 2016 günü akşam saatlerinde sökülmüştür. Mermerin duvarla teması sebebiyle duvarda oluşması muhtemel yıpranmaya, idaremizce eski eserin dokusuna uygun olarak müdahale edilmiş eski haline getirilmesi için çalışmalara başlanmıştır."
