Genelkurmay Başkanlığı, darbe girişiminin ardından FETÖ'yle ilişkili olduğu düşünülen geçmişteki tüm soruşturma dosyalarını raftan indirdi. Bu kapsamda darbe girişiminin altyapısını hazırlamak için 2010'da adeta darbe hazırlığı niteliğindeki bir kumpasa imza attığı ortaya çıkarıldı. MİT'te çalışan A.Y.'nin, bir teğmenin bilgisayarından ele geçirildiği iddia edilen belgelere yer verdiği ihbar mektubundan hareketle 2010'da başlatılan soruşturmada, darbe girişimi sırasında kendilerine engel olabilecek askeri personelin önünü kesmek isteyen FETÖ, inanılmaz bir kumpas kurarak bin 426 subay ve astsubay hakkında soruşturma açılmasını sağladı. Soruşturma sayesinde bazı subay astsubaylar tutuklanırken, ismi geçenlerin tamamının terfi alması engellendi. Bu yolla hem 'örgüt üyesi' alçakların terfi etmesi sağlandı hem de darbe girişimi sırasında kendilerine engel olabilecek askeri personelden kurtulması hedeflendi. Üstelik kumpasa konu olan tüm suçlamalar ise FETÖ'nün kendi yapılanması ve çalışma biçiminin birebir aynısıydı.
Genelkurmay soruşturmasında ortaya çıkan en dikkat çekici ayrıntılardan biri, 2010'daki söz konusu soruşturmanın teslim edildiği savcı oldu. Bu soruşturma, askeri savcı Kurtuluş Kaya'ya verilmişti. Kaya'nın darbe girişimi sırasında cuntacı generallerle birlikte Genelkurmay'da ve Akıncı Üssü'nde olduğuna dair görüntüleri ortaya çıkmıştı. FETÖ'nün önemli isimlerinden biri olan Kaya'nın, Adil Öksüz ile birlikte yurtdışına kaçırıldığı iddia edildi. İhbar mektubunu kaleme alan MİT'çi A.Y.'nin ise geçen ay ihraç edildiği öğrenildi.
Karşı cinse olan ilginin kullanılmasına yönelik olarak bir kısım personelin ses, fotoğraf ve video görüntüsü kayıtlarının tutulduğu. Her bir kuvvet komutanlığı içerisindeki illegal yapılanmanın birbiri ile irtibatlı halde olduğu, bunun için örgüt evlerinde periyodik. toplantılar yapıldığı. Örgütlenmenin sivil kanadının da bulunduğu. Gizliliğe önem verilerek ikinci telefon ve canlı kurye kullanma vb. iletişim vasıtalarının kullanıldığı. Aidat toplandığı, paranın ortak kasada muhafaza edildiği, buraya dış kaynak ve sivillerden de kaynak sağlandığı hususlarına ilişkin bilgi, belge ve görüntüler bulunduğu Tüm devlet erkanının Kara Harp Okulu'nda katılacağı bir toplantı esnasında öldürülmeleri eyleminin analiz edildiği Örgütlenmede Hava Kuvvetleri Komutanlığı'nda "Irkçı, Türkçü, Şamanist" özellikler görüldüğü, diğer kuvvetlerde de "Yoldaş, Anda, Gökkurt, Cücü Beyi, Kandaş" tabirlerinin tercih edildiği tespit edilmiştir.
