Osmanlılar, Portekiz tehlikesinin artması üzerine 1550'lerden itibaren yeniden Hindistan ve Doğu Afrika ile ilgilendi. Arka arkaya Hint seferleri yapıldı. Kanunî, 1555'te Özdemir Paşa'yı yeni kurulan Habeş eyaletinin beylerbeyi tayin etti.
Babasının ölümünden sonra Habeş beylerbeyliğine tayin edilen Özdemiroğlu Osman Paşa da bölgede Osmanlı hakimiyetini genişletti. Hıristiyanlar karşısında gerileyen Müslümanlar, Osmanlı yardımıyla tekrar kuvvetlendi. Eritre ile Sudan tamamıyla Müslümanlar'ın eline geçti ve buralardaki Hıristiyan hakimiyeti sona erdirildi.
1555'te kurulan Habeş Beylerbeyliği, zamanla Doğu Afrika'daki Mombasa'ya kadar uzanan ve bugünkü Sudan'ın bir kısmı ile Cibuti, Eritre. Etiyopya ve Somali'yi içine alan bir beylerbeylik haline geldi.
Osmanlılar, Habeş Beylerbeyliği'ni kurduktan sonra Doğu Afrika'da hakimiyet tesis etmişlerdi. Ancak bölgenin tamamını bu beylerbeyliğine bağlamadılar. Adel, Funcistan ve Yukarı Nubiya, Habeş eyaletine dâhil edilmeyip, Osmanlı'ya tabi Müslüman sultanlıklar olarak kaldı. Bu sultanlıklar ise bölgede İslamiyet'i yaydı.