Ceza Muhakemesi Kanunu'nun (CMK) 250, 251 ve 252'nci maddeleri, soruşturma ve kovuşturma safhasında savcı ve hâkimlerin özel yetkilerini düzenliyordu. Bunlardan bazıları kaldırıldı, bazıları Terörle Mücadele Kanunu'nun (TMK) 10'uncu maddesine taşındı. Terör örgütü kuran, yöneten, üyesi olanlarla, devletin birliği ve ülke bütünlüğü aleyhine işlenen suçlar ve darbe teşebbüsleri konusunda, özel durum korunuyor. Bu gibi davalara bakmak üzere, bölge ağır ceza mahkemeleri kuruluyor. Cumhuriyet savcıları, yukarıda sıralanan fiillerle ilgili, izin almadan, doğrudan soruşturmaya başlayabilecek. Arama, el koyma, yakalama, gözaltına alma, tutuklama ve iletişimin tesbiti gibi koruma tedbirlerine ilişkin kararları, davanın görüldüğü bölge mahkemeleri değil, sadece bu işlere bakmak üzere görevlendirilen hâkimler verecek. İtirazlar da, yine bu amaçla görevlendirilen diğer hâkimler tarafından karara bağlanacak.
Örgüt faaliyeti çerçevesi içinde işlenen uyuşturucu madde imal ve ticareti suçu ile haksız ekonomik çıkar sağlamak amacıyla kurulmuş bir örgütün faaliyeti çerçevesinde cebir ve tehdit uygulanarak işlenen suçlarda da, bölge ağır ceza mahkemeleri yetkili olmakla birlikte, ön izin şartı geri geliyor. Daha yalın bir ifadeyle, kamu ihalesine fesat karıştıran, belediyede örgütlenerek yolsuzluk yapan ya da uyuşturucu imalatı ve ticaretiyle ilgilenen örgüt üyeleri açısından, amirden izin almak gerekiyor. Bunun yanı sıra, telekomünikasyon yoluyla yapılan iletişimin denetlenmesi (iletişimin tesbiti, dinlenmesi ve kayda alınması), gizli soruşturmacı görevlendirilmesi, teknik araçlarla izleme gibi yöntemler, sadece çıkar amaçlı suç örgütlerine uygulanmayacak. Yani, yolsuzluğa bulaştığı duyumu alınan kamu personelinin, ne telefonu dinlenebilecek, ne de teknik takibi yapılacak.