Balyoz davasında sona geliniyor. Yargılama safhasında sanıkların çeşitli itirazları oldu. Özellikle Türk Silâhlı Kuvvetleri'ne karşı hazırlanan komplo çerçevesinde sahte dijital belge düzenlendiği ileri sürülüyor. "Kim düzenlemiş olabilir?" diye sorulduğunda, Cemaat'e yakın polisler ya da askerler işaret ediliyor.
Ergin Saygun Paşa da, mahkemede yaptığı etkileyici savunmasında bu tezi benimsedi. Sadece Balyoz sanıkları iddiayı seslendirse, onlara daha kolay hak verilebilir. Ama Aziz Yıldırım dahil herkes Cemaat'in komplosuyla karşı karşıya bulunduğunu söyleyince, ister istemez, kendilerini temize çıkarma refleksiyle benzer komplo teorilerini ürettikleri izlenimi doğuyor. Gölcük Donanma Komutanlığı İstihbarata Karşı Koyma biriminden çıkan belgeler için dahi, Cemaat'i işaret ettiler. Fuhuş ve casusluk operasyonunda ele geçirilen özel hayata ait uygunsuz görüntüler de, Albay İbrahim Sezer ve arkadaşlarına göre Cemaat komplosuydu. Keşke sadece Balyozcular bu tezin sahibi olsaydı. O takdirde inandırıcılıkları artardı.
İstanbul'daki "ilâç depoları" isimli ve 4 Şubat 2003 tarihli belgede, Yeni Recordati İlâç AŞ unvanlı bir firma var. Oysa bu firmanın 2003'te unvanı, Yeni İlâç AŞ idi. Recordati tarafından 2008'de satın alınıyor ve unvanı 2009'da değiştiriliyor.
İstanbul'daki "özel hastaneler" isimli ve 5 Şubat 2003 tarihli belgede "Medical Park Sultan Gazi Hastanesi" unvanlı bir hastane var. 2003'teki unvanı "Sultan Hastanesi" olan bu kurum, Medical Park Hastaneler Grubu tarafından 2008'de satın alınıyor. Unvanı, "Medical Park Sultan Gazi Hastanesi" olarak değiştiriliyor.
25 Şubat 2003 tarihli belgede, Aselsan'da çalışan ve darbe için destek verecek kişiler listelenmiş. Listedeki İ.B., V.T., R.E.P., Aselsan'da çalışmaya 2007'de başlamışlar; 2003'te Aselsan'da değiller.
Basın yayın organları listesinde, İlk Adım gazetesi yer alıyor. Oysa gazetenin kuruluş tarihi 15 Ağustos 2005.
"Savunma Sanayi" isimli belgede, Havelsan'da çalıştığı iddia edilen 357 kişinin 115'i, 2002-2003 tarihlerinde Havelsan'da çalışmıyor. Sonraki tarihlerde işe başlamışlar.