Futbola 2007 yılında 14 yaşında Beşiktaş'da başladı. 2008 yılında Harmantepespor'a transfer olsa da bir sene sonra tekrar Beşiktaş'a döndü. 2010-11 sezonunda U-18 liginde forma giymeye başladı. Sonraki sene Beşiktaş A2 Takımı'na yükselip, 17 Ocak 2012 tarihinde A2 takımı ile ilk maçına çıktı.

Emre Metin, 2012 - 2013 sezonu başında Beşiktaş ile profesyonel sözleşme imzaladı.

19 Ağustos 2012 tarihinde Allan McGregor'in sakatlığı sebebiyle Samet Aybaba tarafından İstanbul Büyükşehir Belediyespor'a karşı 18 kişilik kadroya dahil edildi.

Beşiktaş'ın üçüncü kalecisi Umut Kaya'nın kiralanması ile birlikte 2011-12 sezonunda Beşiktaş'ın üçüncü kalecisi oldu ve sezon içinde zaman zaman yedek kulübesinde yer aldı.