Bursa Yolspor altyapısından yetişen Gökhan Gönül, 2002 yılında Gençlerbirliği Oftaş'a transfer oldu.

2006 yılında Gençlerbirliği Oftaş'ta oynarken Galatasaray, Gökhan Gönül'ü 19 yaşında iken istemiş, fakat İlhan Cavcav'ın Gökhan için 2.5 milyon Euro talep etmesi transferin olumsuz sonuçlanmasına neden oldu. Gökhan bir sene daha Gençlerbirliği Oftaş'ta forma giydi. 2007 yılında Fenerbahçe'ye 6 yıl için 3 milyon Euro'ya transfer oldu.

2007 yılından bu yana Fenerbahçe'de oynayan Gökhan Gönül, 157 maçta 14 gol kaydetti.

Gökhan Gönül 2012-2013 sezonunda 7. haftada oynanan 3-0 kazanılan Beşiktaş derbisinde 2 gol atarak maçın yıldızı olmuştur. Ayrıca bu maçla beraber Gökhan Lig kariyeri boyunca İlk kez bir maçta 2 gol birden atmıştır. Gökhan 17 Şubat aksamı deplasmanda oynanan takımının 3-0 kazandığı Trabzonspor maçında maçtaki 3. golü kaydetmistir. Ve bu gol bu sene Spor Toto Süper Lig'de ki 3. golü olmuştur.

Milli formayla ilk maçına 17 Kasım 2007'de Norveç'e karşı çıkmış ve ilk maçında bir de asist yapmıştır.

Gökhan Gönül'ün Türkiye Milli Futbol Takımı antrenmanındayken Euro 2008 öncesi sakatlanıp turnuvayı kaçırması ise kendisi ve Türkiye için büyük bir şanssızlık oldu.

Gökhan, 2007-2008 sezonu sonlarında Fenerbahçe'nin oynadığı maçlarda sahaya sakat olarak çıktığı için ağrıları nüksetmiş ve tedavisi Euro 2008'e yetişemeyerek Milli Takım kadrosundan çıkarılmıştır. Gökhan Gönül Türkiye Milli Takımı forması altında ilk golünü 29 Mart 2011 tarihinde Türkiye'nin Avrupa elemelerindeki Avusturya'yı 2-0 yendiği maçta atmıştır.