Camii Roma dönemine ait bir pagan tapınağının üzerine inşa edilmiştir. Günümüzdeki cami Osmanlı dönemi eseridir, etrafı medrese odaları ile çevrilidir. Avlusunda 19.yy eseri bir şadırvan bulunur. Caminin kuzeydoğu köşesinde İsa'nın havarilerinden Yunus (Yuhanna) ve Yahya(Pavlos) ile onlara ilk inanan ve şehit edilen ilk kişi olan Antakyalı Habib-i Neccar'ın türbesi bulunur.

Antakya şehri, İslam Devleti'nin lideri Halife Ömer'in komutanlarından Ebu Ubeyde Bin Cerrah tarafından 636 yılında fethedildiği dönemde fethin simgesi olarak, Habib-i Neccar ve İsa'nın iki havarisinin mezarının bulunduğu yerde, bir cami inşa edilmiştir. 1098 yılında Haçlılar'ın eline geçen ve 1099'da Antakya Prensliği halini alan şehri Memluk Sultanı Melik Zahir Baybars fethedince camiyi yeniden yaptırmıştır. Caminin medrese duvarlarında üzerinde Baybars'ın adı olan bir kitabe vardır. Depremlerden zarar gören cami ve minaresi birçok kez yenilenmiştir.

Habib-i Neccar Kıssası [değiştir]Kıssaya göre, M.S. 40'lı yıllarda (İsa), havarilerinden Yunus (Yuhanna) ve Yahya'yı (Pavlus)Antakya'ya gönderir. Bu iki elçi Antakya'ya girerken koyunlarını otlatan marangoz Habib-i Neccar ile karşılaşır (neccar, marangoz demektir). Neccar, yatalak oğlunun elçiler tarafından iyileştirilmesi üzerine İsa'nın getirdiği dine iman eder. Ancak Antakyalılar elçileri hoş karşılamaz ve onları hapse atarlar. İsa, bunun üzerine Barnabas'ı şehre üçüncü elçi olarak gönderir. Elçilerin tüm çabalarına rağmen halk İsa'nın dinine inanmaz ve onları öldürmeyi planlar. Bunu öğrenen Habib-i Neccar, şehre giderek Antakyalılara "Sizden hiçbir ücret talep etmeden Hakk dinini anlatan bu elçilerin söylediklerine uyun" diye seslenir. İsa'nın elçileri de, Habib-i Neccar da işkence altında şehit olurlar. Bu olay Kur'an'ın Yasin suresinde anlatılmaktadır.