Bermuda'da doğan Lena Headey, 8 yaşında iken Huddersfield, West Yorkshire, İngiltere'ye taşındı. Kuaför olmak istiyordu. İngiltere'deki "Rose School of Acting"den mezun oldu. 1992 yılında Waterland isimli filmde Jeremy Irons'ın karısının gençlik halini canlandırdığı "Genç Mary" rolüyle dikkatleri üzerine çekti.

Possession, Onegin, Gossip, Imagine Me & You gibi filmlerde yer aldı.

Oyuncu Piper Perabo ile iki filmde birlikte oynadı: The Cave'de filmin oyuncu kadrosundaki tek kadın karakterler bu ikili tarafından canlandırıldı. Imagine Me & You da ise Perabo ve Headey iki sevgiliyi canlandırdı.

Vücudunda birçok dövme bulunan Headey'in bir dövmesinde Thai dilinde Jason yazmaktadır. Bunun sebebi aktör Jason Flemyng ile, 2001 yılında bir ilişki yaşamış olmasıdır.