Süper Lig ekiplerinden Beşiktaş'ta forma giymektedir. Sahada iki yönlü oynayabilen dünyanın nadir futbolcularındandır. Attığı birbirinden şık goller, yaptığı asistler, adam eksiltme, çalım ve dönüş becerileriyle taraflı tarafsız herkesin gönlüne taht kurmuş bir oyuncudur.
Fernandes, Lizbon'a bağlı Amadora şehrinde büyüdü. Burada futbolla ilgilenmeye başlayan ve sokak futbolu oynayan Fernandes 2002'de SL Benfica takımının altyapısına girdi. 2 sene çeşitli altyapı seviyelerinde forma giyen Fernandes, 2003-04 sezonunda hocası Jose Antonio Camacho tarafından A takıma yükseltildi. Kendisinin ikinci maçı olan Gil Vicente FC ile oynanan ve 2-1 kazanılan maçta gol atarak Benfica tarihinin en genç ikinci golcüsü oldu.
2004-05 sezonunda teknik direktör Giovanni Trapattoni'nin yönetimindeki takımın en önemli isimlerinden biri olup, Petit ile orta sahada iyi bir ikili oldular. 29 maçta forma giyen Fernandes 1 gol kaydetti.
2006-07 sezonu öncesinde Premier League ekibi Portsmouth FC ile kiralık sözleşmesi imzalandı. Fernandes, Portsmouth formasıyla ilk maçını İngiltere Lig Kupası'nda Mansfield Town deplasmanında çıktı. 2-1'lik galibiyete uzaktan attığı bir golle katkıda bulundu. Sezonun ilk yarısında zaman zaman maçlara çıktı. Daha sonra teknik direktör Harry Redknapp Fernandes'in düzenli bir biçimde oynatılmamasının nedeni olarak sözleşmede yer alan Fernandes'in üç maç arka arkaya oynatıldığında, Portsmouth'un oyuncuyu transfer etmesi için 12 milyon pound ödemesi zorunluluğunu getiren madde olduğunu belirtti. 10 maçta forma giyen Fernandes, Portsmouth'un yüksek transfer ücreti nedeniyle oyuncuyu almaktan vazgeçmesi nedeniyle Benfica'ya döndü.
Ocak 2007'de Fernandes, Everton FC'ye sezon sonuna kadar kiralanarak İngiltere'ye geri döndü. Kısa zamanda kulüp taraftarlarının gözüne girdi. Ligdeki ilk golünü 24 Şubat'ta Watford'a attı.Everton teknik direktörü David Moyes'in Fernandes transferi için 12 milyon euro ödemekten çekinmesi nedeniyle yazın Benfica'ya geri döndü. Sezon öncesi antrenmanlarında iyi bir performans gösterdi. 8
Ağustos 2007'de Everton, Benfica'ya 6 milyon pound'lık bir teklifte bulundu. 13 Ağustos'ta Everton ve Benfica'nın futbolcu üstünde %50-%50 hak kazanması üzerine anlaşıldı. 14 Ağustos'ta Fernandes, Benfica maçı kadrosuna dahil olmayarak İngiltere'ye uçtu. 25 Ağustos'ta oynanan Blackburn maçına gitti. Ancak, Fernandes'in haklarının bir kısmının da bir menajerlik firmasına ait olması nedeniyle Premier League yöneticileri imzalanan sözleşmeyi kabul etmedi.Valencia'ya satıldıktan sonra 2007-08 sezonunun ikinci yarısını da Everton'da kiralık geçirdi. Bu kiralık anlaşmasında satın alma opsiyonu da bulunmaktaydı. Fernandes 12'si lig maçı olmak üzere 13 maçta Everton forması giydi. Ancak satın alınmadı ve Valencia'ya geri döndü.
Everton ile anlaşma sağlanamayınca 26 Ağustos 2007'de Fernandes, La liga ekibi Valencia CF tarafından 6 yıllığına transfer edildi. Anlaşma ile Benfica 18 milyon euro kazandı. Sözleşmede 100 milyon euro getiren takıma Fernandes'in gidebileceği maddesi de eklenmişti.
Fernandes ilk maçına 2 Eylül 2007'de deplasmanda oynanan UD Almeria maçında çıktı. İlk sezonunun ilk yarısında 7 kez forma giyen Fernandes, bunların beşinde ilk 11'deydi. Sezonun ikinci yarısında Everton'a kiralandı. 2008-09 sezonunda Valencia'ya geri dönen Fernandes, yeni hocası Unai Emery tarafından ilk 11'de daha çok şans buldu. Sezonun ilk lig maçında Mallorca karşısında alınan 3-0'lık galibiyette yedeklerden dahil oldu. 5 Ekim 2008'de Real Vallodolid karşında Valencia formasıyla ilk golünü attı. David Albelda ve Ruben Baraja ile iyi bir orta saha oluşturan Fernandes 27 maçta forma giydi. Nisan 2009'da Getafe ile oynanan maçta kaval kemiğinden sakatlandı. Maçta 90 dakika forma giyse de maç sonrası sakatlığının ciddi olduğu fark edildi ve sezonu erken kapadı.
2009-10 sezonunda Valencia'da eskisi gibi forma şansı bulamadı. Sezon boyunca sadece 14 maçta forma giyebilen Fernandes bunların yarısında ilk 11'de oynayabildi. 2010-11 sezonunda 6 maçta forma giyebilen Valencia, hocası Emery tarafından gözden çıkarıldı.
Valencia CF kulübünden 6 aylığına satın alma opsiyonu ile birlikte Beşiktaş'a kiralanmıştır. Beşiktaş'taki ilk resmi golünü Türkiye Kupası Çeyrek final ilk maçında Gaziantep BB ile oynanan maçta atmıştır. Ligdeki ilk resmi golünü ise 16 Mayıs'ta Eskişehirspor'a karşı atmıştır. Fernandes 2011-12 Sezonunda Valencia CF'den bonservisi ile birlikte Beşiktaş'a gelmiştir. Beşiktaş bonservis olarak Valencia CF klubüne 2.300.000 euro ödemiştir.
