Antakya'daki ilk Hıristiyanların gizli toplantıları için kullandıkları bu mağara Hıristiyanlığın en eski kiliselerinden biri olarak kabul edilir. İncil'in Resullerin İşleri bölümünde Barnabas'ın Tarsus'a giderek Pavlos'u Antakya'ya getirdiği, Antakya'da bir yıl birlikte çalışarak Hıristiyanlığı yaydıkları ve bu dine inananlara 'Hıristiyan' adının verilmesinin Antakya'da gerçekleştiği bilinmektedir. Bu bilgilere ek olarak Pavlos'un Galatyalılara yazdığı mektupta Antakya'ya gelen Petrus ile Hıristiyanlığın o günkü durumunu tartıştığını belirtmektedir. Hıristiyan geleneği Petrus'u Antakya Kilisesi'nin kurucusu ve burada oluşan Hıristiyan topluluğun ilk başpapazı olarak kabul etmiştir.

Kilisenin erken döneminden günümüze sadece taban mozağinin parçaları ve sunağın sağında, duvar boyamalarının izleri kalmıştır. Dağa açılan tüneli bir zamanlar burada toplanan Hıristiyanların baskınlar sırasında kaçmak için kullandıkları sanılmaktadır. Kayalardan sızarak yalakta toplanan su vaftiz için kullanılmıştır. Son yıllara kadar ziyaretçilerin şifalı kabul ederek içtikleri, hastalara götürdükleri bu su sızıntısı depremler nedeniyle azalmıştır.

Kilisenin ortasındaki taş sunağın üstünde eskiden 21 Şubat tarihinde Antakya'da kutlanan Saint Pierre Kürsüsü Bayramı için yerleştirilen taştan bir kürsü vardır. Sunağın üzerindeki mermer Saint Pierre heykeli 1932 yılında yerleştirilmiştir. 1098 yılında Antakya'yı ele geçiren haçlılar kiliseyi birkaç metre daha uzatıp iki kemerle ön cepheye bağlamışlardır. Bu cephe 1863 yılında, Papa IX. Pius'un isteğiyle restore işlerine girişen Kapuçin rahipleri tarafından yeniden yapılmıştır. Restorasyona III. Napolyon da katkıda bulunmuştur. Kilise girişinin solunda duran kalıntılar bir zamanlar ön cephenin önünde bulunan revaktan geriye kalmıştır.

Bahçenin birkaç yüzyıl mezarlık olarak kullanıldığı bilinmektedir. Kilisenin iç kısmında da özellikle sunağın çevresinde de mezarlar bulunmuştur. Günümüzde bir müze olan kilisede valiliğin izniyle müze müdürlüğü denetiminde ayin yapılabilmektedir.