Günümüzde Yunanistan topraklarında bulunan Simavna kasabasında doğmuştur. Kesin doğum tarihi bilinmemekle beraber çeşitli kaynaklarda 1358, 1359 veya 1365 olarak verilir. Babası İsrail, Samona(Simavna)'nın hem kadısı hem kale komutanı, annesi ise Dimetoka Kalesi Rum Beyi'nin kızı olup sonradan Müslüman olan Melek Hatundu.

Babasının mesleği nedeniyle Simavna Kadısı Oğlu diye tanınmıştır. Edirne'nin Osmanlılar tarafından alınmasından sonra ailesi ile buraya yerleşmiştir. Şeyh Bedreddin ilk tahsiline babasının yanında başladı. Daha sonraları Şahidi adlı bir hocadan ders aldı. Mevlana Yusuf'tan sarf ve nahiv okudu. Koca Efendi diye de bilinen Bursa Kadısı Şeyh Mahmud ile oğlu Musa Çelebi'nin I. Bayezid'in refakatinde Edirne'ye gelmeleri üzerine, ileride astronomi ve matematik alanlarında büyük şöhret kazanacak olan Musa Çelebi ile birlikte Koca Efendi'den ders almaya başladı; bu arada Mevlana Yusuf'un yanında fıkıh öğrenimine de devam etti.

Şeyh Bedreddin önce Karaman ve Germiyan Beyliklerinin topraklarına gider. Gittiği yerlerde tanınmaktadır. Buradan Menderes Vadisi boyunca ilerleyerek Aydın'a gelir. Menakıbname'ye göre, yolu üzerindeki Nizar köyünde en önemli müritlerinden Börklüce Mustafa ile tanışır. Daha sonra Tire üzerinden İzmir'e geçer. Menakıbname'de İzmir'den, Hıristiyan nüfuslu Ceneviz hakimiyetindeki Sakız Adası'na geçtiği anlatılır. Kütahya ve Domaniç üzerinden Bursa'ya yaptığı yolculuğu sırasında Sürme köyünde diğer önemli müridi Torlak Kemal ile tanışır.

Rumeli'ye geçerek Edirne'ye yerleşen Şeyh Bedreddin burada kendisini ziyarete gelenlerle görüşerek faaliyetlerini genişletmiştir. Şeyh Bedreddin'in bu faaliyetleri Osmanlı Devleti'nin parçalanıp şehzadelerin birbirleriyle mücadele ettiği döneme denk gelmiştir. İlim ve erdemi etrafta duyulmuş ve Edirne'de hükümdarlığını ilan etmiş olan Musa Çelebi tarafından 1411 yılında kazasker tayin edilmiştir. Çelebi Mehmet kardeşi Musa Çelebi karşısında galip gelip 1413 yılında hükümdar olunca Şeyh Bedreddin kazaskerlik görevinden alınmış, ilim ve erdemine saygı duyulduğundan maaş bağlanarak İznik'te oturtuldu.

Şeyh Bedreddin, eski müritleri Börklüce Mustafa ve Torlak Kemal ayrı ayrı yerlerde (Aydın ve Manisa) faaliyetlerini arttırdıklarını duyunca hacca gitmek bahanesiyle çocuklarını bırakarak Kastamonu'ya gitmiş, buradan da Karadeniz yoluyla Eflak voyvodasının yanına gitmiştir. Eflak'tan ayrılarak Osmanlı topraklarına geçerek Silistre, Dobruca ve Deliorman taraflarında görüşlerini yayarak çok sayıda taraftar kazandıktan sonra ayaklanmanın merkezi olarak Deliorman'ı seçmiştir.

Şeyh Bedreddin üç ayrı yerde birden müritleriyle birlikte ayaklanma çıkartmıştır. Börklüce Mustafa ve Torlak Kemal isyanlarının bastırılması sonucu Şeyh Bedreddin ve yanındakilerin morali bozulmuş ve şeyhin etrafındakilerin bir kısmı dağılmıştı. Küçük bir çarpışmadan sonra ele geçirilen Şeyh Bedreddin padişahın bulunduğu Serez'e gönderilmiş ve burada yargılanan Şeyh Bedreddin 1420 yılında Serez'de idam edilmiştir. 1961'de kemikleri, Divanyolu'ndaki II. Mahmut Türbesi haziresine defnedilmiştir.