Endoskopi ile ağız yolundan girilerek yemekborusu ve mide geçilir ve dodenuma ulaşılır. Duodenumda bulunan milimetrik safra yolu ağzına endoskop içinden geçirilen ince bir kanülle girilir ve safra yollarının içine röntgen cihazından görülebilen kontrast madde verilir. Bu sırada röntgen cihazı ile elde edilen görüntü sayesinde safra yollarında bulunan taş, tümör, darlık gibi anormallikler tanınır. Safra yollarına müdahale düşünülüyorsa, ucunda tel bulunan bir başka kanül ile, safra yolları girişi elektrokoter aracılığıyla elektriksel olarak kesilerek genişletilir. Örneğin safra taşı varsa, basket ya da balon kateter endoskopun içinden geçirilir ve taş yakalanarak ya da çekilerek çıkartılır. Safra akımını engelleyen tümör ya da darlık gibi durumlarda bir balon ile bu darlık giderilebilir, ya da darlık bölgesine bir stent yerleştirilerek safra akışı sağlanır. İşlem süreri sıklıkla 20-30 dakika kadardır. Başarılı bir işlem sonrası hasta aynı gün ya da sonraki gün normal yaşamına döner.