İlker Başbuğ hakkındaki iddianame, 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edildi. Bu iddianamede, cumhurbaşkanı seçimine müdahale edildiğini gösteren bir bilgi de yer alıyor. İlker Başbuğ, o tarihte Kara Kuvvetleri Komutanı. İstihbarat Karşı Koyma Deniz Kurmay Albay Turgut Ak imzalı bir bilgi notu (Haziran 2007), Genelkurmay Başkanı Yaşar Büyükanıt'a gönderiliyor. Bu notta, Başbuğ'un gayriresmi iletişim ve imaj danışmanı Nuran Yıldız'ın faaliyetleri yer alıyor. "Org. Başbuğ, cumhurbaşkanlığı seçimi konusunda Dr. Yıldız aracılığıyla ANAP Genel Başkanı Erkan Mumcu'yla görüşmüştür" deniliyor. Yıldız'ın, İlker Başbuğ'dan naklen Mumcu'ya aktardığı bilgiler ise şu şekilde özetleniyor:
CHP, kendi istediği dışında bir AKP'linin (Milli Görüşçü-Fethullahçı) aday gösterilmesi durumunda, Meclis'teki oylamaya kesinlikle katılmayacak.
Erdoğan, Gül, Arınç üçlüsünden birinin aday olması halinde, CHP-ANAP-DYP'nin katılmadığı durumda, cumhurbaşkanı sadece AKP'nin cumhurbaşkanı olacak. Bu yüzden TSK'nın Başkomutanı olamayacağından hareketle, TSK buna müdahale edecek.
Müdahale sonucunda hükümet düşecek. Bunun, Anayasa Mahkemesi'yle görüşülerek sağlandığı, bizzat Org. Başbuğ tarafından ifade edilmiştir. Anayasa Mahkemesi AKP'yi kapatacak, Erdoğan-Gül- Arınç üçlüsünün siyaset yapması yasaklanacak ve böylece AKP kadrosu değişecek.
Aydın Doğan'a bağlı medya kuruluşlarının sağlayacağı medya desteğiyle, Erkan Mumcu önderliğinde birleşen ANAP ve DYP'nin çekim gücüyle, bu partiye katılacak "TSK'ya yakın-AKP düşmanı" Rifat Hisarcıklıoğlu, Sinan Aygün, Abdüllâtif Şener ve Cemil Çiçek gibi isimlere bir oluşum sözü verildi. Oluşumun, müdahaleden sonraki ilk seçimlerde iktidara taşınacağına kesin gözüyle bakılmakta.
Bu notun Genelkurmay'da bulunmadığı, dolayısıyla düzmece olduğu iddia edildi. Oysa iddianamede de belirtildiği gibi, Ergenekon tutuklusu Albay Levent Göktaş'ın ofisinden çıkan 51 No'lu DVD içeriği (111 adet dosya) hakkında İstanbul Cumhuriyet Savcılığı, 14 Nisan 2009'da, Genelkurmay Askeri Savcılığı'na şu soruyu iletmişti: "Bu belgeler Genelkurmay'ın arşivinde var mı? Gizliliği kalktı mı?"6 Mayıs 2009'da, Askeri Savcılık'tan 8 sayfalık bir liste geldi. Listede, 111 dosyada yer alan ve farklı tarihler taşıyan bilgi ve belgeler, "çok gizli", "gizli"ya da "gizliliği kalktı"şeklinde derecelendiriliyordu. Yukarıda sözünü ettiğimiz belgeyle ilgili olarak ise, Askeri Savcılık,"TCK'nın 334. maddesi kapsamında gizliliği kalkmamıştır"diyordu. (Buradan da, bilgi notunun, Genelkurmay arşivinde bulunduğu anlaşılıyor)
Ayrıca, iddianamede, AK Parti'ye kapatma davası öncesinde, dönemin Kara Kuvvetleri Komutanı İlker Başbuğ ile Anayasa Mahkemesi Başkanvekili'nin (Osman Paksüt) gizli bir görüşme yaptığı da hatırlatılıyor.
İlker Başbuğ ve Nuran Yıldız, Erkan Mumcu'yla böyle bir işbirliği içine girilmediğini belirtiyorlar; belgeyi yalanlıyorlar. İddianamede ise, aksi ileri sürülüyor. Tabii, tam da cumhurbaşkanı seçilirken ANAP ile DYP'nin ve de CHP'nin Genel Kurul'a girmediğini, ayrıca Mart 2008'de AK Parti hakkında kapatma davası açıldığını, Osman Paksüt ve eşi Ferda Hanım'ın o tarihteki gayretlerini de unutmamak lâzım. Bir başka ifadeyle, cumhurbaşkanlığı seçimi ve sonrasındaki gelişmeler, belgeyi teyit eder mahiyette.

İlker Başbuğ, Hasan Iğsız'ı Kara Kuvvetleri Komutanlığı'na getirip, sonra da Genelkurmay Başkanlığı yolunun açılması için 2010 Şûrası'nda büyük mücadele verdi. Bugün, o mücadelenin sebebi daha iyi anlaşılıyor.