İlker Başbuğ, Türk Ceza Kanunu'nun 312'nci maddesinin 1'inci fıkrasından, (darbe teşebbüsünden) mahkûm oldu.
Başbuğ, Hürriyet'e yazdığı mektupta, "terör örgütü kuran veya yöneten kişileri cezalandıran" TCK'nın 314'üncü maddesinin 1'inci fıkrasından beraat etmediğini hatırlatarak, üzerine atılı "terör örgütü lideri" suçlamasının hâlâ devam ettiğini ileri sürüyor. Bu savını 2 gerekçeye dayandırıyor: "1) Terör örgütü yöneticisi suçlamasıyla açılan kamu davasının düşmesi için, mahkemenin, TCK'nın 314'üncü maddesinden beraat kararı vermesi gerekmekteydi. 2) Terör örgütü yöneticisi ya da üyesi gibi bir yapılanmayla münasebeti olmayan şahıslar Ergenekon davası içinde yer almaz."
Başbuğ, bir Genelkurmay Başkanı'nın terör örgütüyle ilişkilendirilmesinin toplumda yarattığı infialden yararlanmak istiyor gibi. Mahkeme, İlker Başbuğ'u ve birçok komutanı "darbe teşebbüsünden" müebbet hapis cezasına çarptırdı. Bunun yanı sıra, Genelkurmay İstihbarat Daire Başkanı İsmail Hakkı Pekin, Adli Müşavir Hıfzı Çubuklu, Muhabere Elektronik Bilgi Sistemi Başkanı Mehmet Otuzbiroğlu ile kara propaganda sitelerinde aktif rol oynayan birçok Bilgi Destek Şube Müdürünü "terör örgütü üyeliği"nden mahkûm etti. Anlaşılıyor ki, İlker Başbuğ, kara propaganda siteleriyle doğrudan ilişkili görülmedi. İrtica ile Mücadele Eylem Planı'ndan sorumlu tutuldu. Bu yüzden, yukarıda adını verdiğimiz bazı askerler 314/2'den, yani "Ergenekon üyeliğinden" ceza alırken, Dursun Çiçek, Hasan Iğsız, Nusret Taşdeler ve Başbuğ, doğrudan AK Parti hükümetini yıpratmaya yönelik Bilgi Destek Planı ve İrtica ile Mücadele Eylem Planı'yla ilişkilendirildiler. Ve darbe teşebbüsünden cezalandırıldılar.

Kafa karışıklığı Ergenekon denilen örgütün yapısından kaynaklanıyor:
* Türk Silâhlı Kuvvetleri içinde yasa dışı bir çeteleşme mi söz konusu?
* Yoksa Özel Harp Dairesi'nde kurulmuş yasal bir teşkilât mı?
* Bazı askerler Genelkurmay Başkanı'ndan habersiz olarak mı Ergenekon bünyesinde kara propaganda sitelerini kurdular?
* Bilgi Destek Şubesi'nde hazırlanan AK Parti'yi yıpratmaya yönelik eylem planları ile kara propaganda siteleri müşterek bir amaç gütmüyor muydu?
* 314/2'den cezalandırılan kişiler Ergenekon üyesiyse, örgütün yöneticisi kim?
Özel Harp Dairesi'nde düşmana karşı gerilla faaliyeti ya da kara propaganda yapacak unsurlar yer alıyor. Siz tutup ihtiyaca (!) göre, onları "iç düşmana" karşı yönlendirirseniz, ortaya Aczimendiler, Danıştay baskını, İrtica ile Mücadele Eylem Planı, Hrant Dink cinayeti çıkar ya da Güneydoğu'daki faili meçhuller. Yasal ile yasa dışı birbirine karışmıştır. O bakımdan, alışılmış bir terör örgütü diyemezsiniz Ergenekon'a. Ergenekon, bazen Kürtlere, bazen gayrimüslimlere, bazen İslâmcı bir hükümete karşı ülke bütünlüğünü ve laik Türkiye Cumhuriyeti'ni korumayı amaçlayan askeri vesayetin ihtiyacına göre kullandığı bir mekanizmadır.