Uzun tutukluluk, Ceza Muhakemesi Kanunu'ndan (CMK) ve Yargıtay'ın tutukluluk süresine ilişkin kararından kaynaklanıyor. 2005'te yasalaşan yeni CMK'da, "Ağır ceza mahkemesinin görevine giren işlerde, tutukluluk süresinin en çok 2 yıl olması, bu sürenin zorunlu hallerde, gerekçesi gösterilerek uzatılabilmesi" öngörülüyordu. Aynı maddede, "uzatma süresi toplam 3 yılı geçemez" hükmü de mevcuttu. Ama ağır cezalık suçlarda acaba uzatma süresiyle birlikte mi toplam 3 yıl tutukluluk söz konusuydu? Yoksa 2 yıllık tutuklamanın 3 yıl ilave edilerek 5 yıla çıkarılması mı kastedilmişti? Yargıtay, değerlendirmesinde, "2+3" yıllık süreyi esas aldı... Etti 5 yıl. Ayrıca, CMK'nın 250'nci maddesinde sıralanan katalog suçlarda (uyuşturucu, casusluk, silâhlı örgüt, çıkar amaçlı suç örgütü, ülke bütünlüğüne karşı fiiller, anayasayı ihlâl) 5 yıllık sürenin 2 misli arttırılabileceği öngörülüyor. Balyoz ve Ergenekon sanıkları, terör örgütü ve anayasayı ihlâl kapsamında yargılandıkları için, Yargıtay'ın CMK'yı bu şekilde yorumlamasıyla, 10 yıl tutukluluk süresinin önü açılmış oluyordu.