Alttan dersi kalan öğrencilerin ödeyeceği katkı payı miktarı da arttı. Böylece aynı dersten üçüncü tekrarda ders başına alınacak katkı payı ve öğrenim ücreti oranına yüzde 50, dördüncü tekrarda yüzde 100, beşinci veya daha fazla tekrarda ise yüzde 300 zam geldi.
Bakanlar Kurulu Kararı'yla 2 Kasım 2011'de Resmi Gazete'de yayımlanan ve 2011-2012 eğitim öğretim yılının ikinci yarısı başlamasıyla uygulanmaya konulan 6111 sayılı yasada yapılan değişikliklere uyum için üniversiteler eğitim öğretim yönetmeliğinde harç ücretlerinin hesaplanmasında yenilik getirildi. Her bir ders için kredi başına ödenecek katkı payı veya öğrenim ücreti tutarları, her bir dersin kredisinin ilgili dönemde alınması gereken toplam ders kredisine oranlanması sonucu bulunacak. Buna göre öğrencilerin dönemlik harç paralarının yanı sıra üçüncü veya daha fazla tekrar ettikleri dersler varsa bu dersler için kredi başına ek katkı payı ödemeleri zorunluluğu getirildi.
Derslerde üçüncü tekrarda ders başına alınacak katkı payı ve öğrenim ücreti oranına yüzde 50, dördüncü tekrarda yüzde 100, beşinci veya daha fazla tekrarda ise yüzde 300 zamlanarak ödeyecekler. Öte yandan 26 Ağustos 2011 yılında Bakanlar Kurulu tarafından alınan kararın ertelenmesi sonucu üniversiteler bu paraları ilk dönem alamadıkları için ikinci dönem başlangıcında her iki dönemin parasını alan üniversiteler öğrencileri oldukça zor durumda bıraktı.
Birçok üniversitede bu ücretleri ödemeye zorlanan öğrenciler arasında en çok mağdur olan öğrenci grubu ikinci öğretimde okuyanlar oldu. Birinci öğretime göre 10 kat daha fazla harç ödeyen öğrenciler bu karar yüzünden alttan kalan dersleri içinde bin 500 lira ile 5 bin lira arasında değişen paralar ödemek zorunda bırakıldı. Birçok üniversite öğrencisi maddi durumu iyi olmadığı için üniversiteyi bırakma noktasına geldi.
