Silivri Cumhuriyet Başsavcılığı'nın, Balbay'ın cezaevinde koğuşlarının değiştirildiği dönemde söylediği ''Sayın Tekin de iddianameye göre Cumhuriyet'in bombalanmasında rolü olan kişi'' şeklindeki sözleri nedeniyle Muzaffer Tekin'in yaptığı şikayet üzerine Balbay hakkında yürütülen soruşturma tamamlandı.
Savcılık, Balbay hakkında ''hakaret ve iftira'' suçlarından yürüttüğü soruşturmaya, suçun unsurları oluşmadığı için takipsizlik kararı verdi.
Balbay, 14 Kasım 2011 tarihindeki duruşmada yaptığı yazılı açıklamada, ''1 No'lu Cezaevine konulmalarından sonra Muzaffer Tekin'i benim koğuşuma getirdiler. Ben de Tekin'in de duyacağı şekilde ve yanlış anlamamasını rica ederek ikinci müdüre 'Sayın Tekin ile hiçbir husumetim yok. Ancak kendisini tanımıyorum. Ben Cumhuriyet Gazetesi yazarıyım, iddianameye göre teröristim. Sayın Tekin de iddianameye göre Cumhuriyet'in bombalanmasında rolü olan kişi. Birbirimizi tanımıyoruz ve bizi aynı koğuşa koyacaksınız' dedim'' demişti.
Bunun üzerine Tekin, Balbay hakkında Silivri Cumhuriyet Başsavcılığı'na şikayette bulunmuştu.