Malatya 3. Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülen 45. celsede savunmasını yapan Murat Göktürk, Mart 2011'de Zekeriya Öz'e itiraf gibi ifadeler vererek, jandarmanın katliamdan bir yıl önce Malatya'da misyonerlik faaliyetlerini takibe başladığını, kendisine de Zirve Yayınevi çalışanlarına ilişkin bilgi toplatıldığını söylemişti.
O dönemde, 2. Ordu Karargahı'nda da her hafta misyonerlik toplantısı yapıldığını belirten Göktürk, 'misyonerlik faaliyetlerine' ilişkin toplantıların 2006'da Kayseri Jandarma Bölge Komutanı Harun Ocaklı'nın yazılı emriyle başladığını ve "Niğde'ye Hizbullah, Malatya'ya Misyonerlik" konusu verildiğini söylemişti. Göktürk, Malatya İl Jandarma Alay Komutanı Albay Mehmet Ülger'in talimatıyla 2007'de Mersin'de Ruhi Abat, Abdullah Atılgan ve İlker Çınar'la toplandıklarını ve Abat'ın misyonerlik seminerleri verdiğini dile getirmişti. Astsubay Göktürk, "Ruhi hoca (Abat) bazı yazıları getirirdi, Mehmet Ülger'le kendi odasında konuşup bazı raporlar yazardı. Bu raporları biz görmezdik, hatta üst yazı orada yazılırdı. Ruhi Abat benim kayıtlı elemanım değildi, ancak bizzat alay komutanı ve Haydar Yeşil ile yaptığı görüşmeler sonucu kendisine para verildiğini duydum." dedi. Albay Mehmet Ülger'in, misyonerlik ile ilgili tüm çalışmalarını Ruhi Abat ile beraber organize ettiklerini kaydeden Göktürk, "Biz hizmet gereği yapıyorduk. Ancak Ruhi Abat'la samimi olduktan sonraki süreçte beni görevlerden soğuttu." diye konuşmuştu.
Göktürk, mahkemedeki ifadesinde ise bu ifadelerinin hepsini tekzip eder nitelikte savunma yaptı. İddianamedeki kendisiyle ilgili suçlamaları reddeden Göktürk, olayın asli faillerini azmettirdiği iddia edilen Hüseyin Yelki ile Arapça İncil talebi için görüştüğünü ileri sürdü. Savcılıktaki ifadelerinin savcı tarafından yazıldığını savunan sanık, kendilerine komplo kurulduğunu iddia etti. Savunmasını yaparken zaman zaman ağlamaklı olduğu görülen Göktürk, olayda yakınlarını kaybedenlere taziyelerini ilettiğini belirtti.
Göktürk, ''İddianamenin büyük bir bölümünde ifadeleri bulunan İlker Çınar'la, Mersin'de Ruhi Abat'la birlikte tanıştım. Kendimi beden eğitimi öğretmeni olarak tanıttım. O benim askeri personel olduğumu bilmezdi. Benimle ilgili iddiaları kesinlikle doğru değildir. Benim İstanbul Adliyesi'nde verdiğim ifadede, Malatya'daki misyonerlikle ilgili çalıştaylara katıldığımı kabul ettiğim yazmaktadır. Ancak, ifademi alan savcı Zekeriya Öz'ün bu ifadeyi İlker Çınar'ın ifadesinden aldığını düşünüyorum. Zaten çok geç saatlerdi ve ben ifademi okuyamamıştım. Ruhi Abat ile görüşmelerim tamamen ikili ilişkilerden ötürüdür. Kendisinin Arapça yayınlar konusunda bana çok yararı olmuştur. Hüseyin Yelki ile de Arapça İncil temini için görüşmüş ve tanışmıştım. Hakkımdaki suçlamalar ve iftiraları kabul etmiyorum. Ben sözde Ergenekon terör örgütü üyesi değilim. Üyesi olduğum örgüt Jandarma Genel Komutanlığıdır." dedi.
Savunmasını tamamlayan sanığa, mahkemenin 24. celsesinde tanık olarak verdiği ifadeleri hatırlatan Mahkeme Başkanı Hayrettin Kısa, ifadeleri arasında çok çelişki bulunduğunu söyledi. Kısa'nın, ''Malatya'da kendi sorumluluk bölgenizde olmamasına rağmen misyonerlerle ilgili izleme yapmışsınız. Adamların sürekli olarak ensesinde dolaşmışsınız. Bu kadar yakın takibe aldığınız adamlara yönelik bir saldırıyı hissetmediniz mi'' sorusuna sanık, ''Böyle bir saldırı olacağı yönünde bilgimiz yoktu. Olsa bunu mutlaka üstlerimize bildirirdim'' cevabını verdi. Bunun üzerine mahkeme başkanı Kısa, ''Mahkeme heyetini, avukatları dinlemişsiniz. Sen kimsin de mahkeme heyeti ve müdahil avukatları dinliyorsun. Bu soruyu Mehmet Ülgere de soracağım'' dedi. Sanık, bu konuda bilgisinin olmadığını söyledi. Daha sonra mahkeme heyeti duruşmaya ara verdi.
