Mustafa Balbay, TÜBİTAK raporuna dayanarak, "Notlarım değiştirildi" diye kendisini savunuyor. 14 Aralık 2012'de, TÜBİTAK'ın böyle bir değerlendirme yapmadığını yazmıştım:
"Mustafa Balbay, askerlerle ilişkisini gösteren notların değiştirildiğini ileri sürüyor. Bu iddiasını, sözde TÜBİTAK'ın raporuna dayandırarak şöyle diyor: 'Bilgisayarın hard diskine el konulduğu 1 Temmuz 2008 ile imajının alındığı 7 Temmuz 2008 arasında herhangi bir değişikliğin yapılmadığı söylenemez.'
Oysa TÜBİTAK raporunun bütününe bakıldığında tam tersini söylüyor. Şöyle ki: 'Hard diskte 1 Temmuz-7 Temmuz 2008 aralığına sahip oluşturma ve değiştirme üst verisi içeren herhangi bir dosya tespit edilememiştir. Hard diskte yüklü olan işletim sisteminin tarih ve zaman bilgisinde de uyumsuzluk görülmemiştir. Hard disk üzerinde, herhangi bir değişiklik izine rastlanmamıştır. Ancak, herhangi bir değişiklik yapılmadığı teknik açıdan kesin olarak söylenemez.'
Balbay, raporun sadece son cümlesini alıp, farklı bir sonuç çıkarıyor. Oysa dijital verilerde hiçbir zaman kesin ifade kullanılmıyor; sadece kuvvetli ihtimale dayanarak kanaat belirtiliyor. TÜBİTAK'ın Balbay'a ilişkin raporunda, 1-7 Temmuz arasında hard diskte değişiklik yapılmadığı kanaati ağır basıyor."