Balyoz davasında TÜBİTAK'ın raporunu değerlendiren sanık subaylar, "Dijital dosyalar suç isnat etmek üzere devlet içinde yuvalanmış bir çete tarafından oluşturulmuştur" dedi. 6 Aralık 2010'da özel yetkili savcıların Gölcük Donanma Komutanlığı İstihbarat Şube'de yaptığı aramada ele geçirilen 5 nolu harddiskte Balyoz, Ergenekon, Poyrazköy, Askeri Casusluk davaları ile ilgili verilerin yer aldığı iddia ediliyordu. Askeri Savcılığın bilirkişi raporunda, harddiske suç unsuru içeren verilerin sonradan eklendiği belirtildi. Ancak bu rapor mahkemece dikkate alınmadı. Harddiskin kopyası da 9 Şubat 2012'ye kadar avukatlara verilmedi. Askerler, dijital belgelere dayanılarak hapis cezalarına çarptırıldı. Yargıtay bu cezaların çoğunu onadı. TÜBİTAK'ın hazırladığı son raporda ise 5 nolu harddiske sonradan ekleme yapıldığı belirtildi. Balyoz hükümlülerinin açıklamasında, raporun yeniden yargılanmaya delil olarak görülmesi gerektiği belirtilerek, "Dijital dosyalar suç isnat etmek üzere devlet içinde yuvalanmış bir çete tarafından oluşturulmuştur" denildi.