Kültür ve Turizm Bakanlığı Vakıflar Genel Müdürlüğü, Ayasofya Fatih Medresesi'ni, 1936'da yıkımından önceki mimarisine uygun şekilde dönemin malzemelerini kullanarak yeniden yaptı. Fatih Sultan Mehmed, İstanbul'u fethettikten sonra ilk iş olarak Ayasofya'yı camiye çevirdi, kuzeybatısında yer alan ve papaz odaları olarak adlandırılan yapıyı da medrese olarak hizmete açmıştı. Araştırma merkezlerinin yer alacağı medresenin avlusundaki sarnıç kalıntıları korunarak çevresinden gezilecek şekilde açıkta bırakıldı. Avlularda revak altları terracotta taban tuğlası ile kaplandı. Soğukçeşme Sokak cephesine bakan mahallerde terracotta taban tuğla ile döşeme yapıldı.
