2001'den itibaren Milli Güvenlik Kurulu (MGK) azınlıklar ve misyonerliği iç tehdit olarak değerlendirdi. MGK Genel Sekreteri Tuncer Kılınç ve halefi Şükrü Sarıışık, misyonerlik faaliyetlerinin sıkı bir takipçisiydi. "Milli menfaatlerimizi tehdit eden bir boyuta ulaşan misyonerlik faaliyetlerine karşı devletimizin seyirci kalması beklenemez"diyorlardı.
Birinci Ergenekon iddianamesinde şöyle bir cümle yer alıyor: "Şüphelilerin, misyonerlik temasını yoğun olarak kullandıkları, azınlıklar ve misyonerlik konusunda toplumu kin ve düşmanlığa sevk edecek biçimde eylem yürüttükleri görülmektedir."
Ergenekon sanığı Sevgi Erenerol'un, bu süreçte, Genelkurmay Başkanlığı, kuvvet komutanlıkları ve üniversitelerde misyonerlik aleyhine konferanslar verdiği anlaşıldı. Erenerol, misyonerliğin amacının, bu toprakların ele geçirilmesi olduğunu söylüyor, ülkenin bölünmez bütünlüğüne yönelik tehditler bir piramit arz ederse, bunun en tepesinde azınlıkların olduğu görüşünü savunuyordu. O dönemde soykırım tartışmaları da alevlenmişti. Boğaziçi Üniversitesi'nde bu hususta yapılacak seminer, Kemal Kerinçsiz'in idari yargıya başvurması sonucunda durduruldu. Seminer, protestolar eşliğinde Bilgi Üniversitesi'nde gerçekleşti.
5 Şubat 2006'da, Trabzon Katolik Kilisesi rahibi Santoro öldürüldü. 19 Ocak 2007'de, Dink'in ölümünü takiben, Malatya Zirve Yayınevi katliamı (18 Nisan 2007) misyonerleri hedef almıştı. Mardin Süryani Kilisesi rahibi Edip Daniel Savcı'nın kaçırılması (27 Kasım 2007), İzmir'de Aziz Antuan Kilisesi rahibi Adriano Franchini'nin bıçakla yaralanması (17 Aralık 2007), gayrimüslimlere yönelik saldırıların örnekleridir. Bu araya, 17 Mayıs 2006'daki Danıştay baskınını ve 27 Mayıs 2007'deki Ankara Anafartalar Çarşısı'nın bombalanmasını koyabiliriz.
2008'de Ergenekon deşifre oldu. Elebaşları tutuklandı. O tarihten sonra, sabotaj ve suikast rüzgârları dindi.