Tayyip Erdoğan yargıdan çok çekti. 17 Ocak 2001'de İçişleri Bakanı Sadettin Tantan tarafından görevlendirilen Mülkiye Başmüfettişi Mehmet Günaydın ile Maliye Müfettişi İbrahim Saydam ve Sanayi Bakanlığı Müfettişi Doğan Atamer, 1997-2000 arasında, İSKİ'nin, İETT'nin ve İstanbul Büyükşehir Belediyesi'nin iştiraki bulunan 19 şirketin gerçekleştirdiği 10 bin 275 ihalede, usulsüzlük ve yolsuzluk bulunmadığını tespit etmişti (20 Haziran 2001 tarihli rapor).
Tantan'ın halefi Rüştü Kazım Yücelen, 21 Haziran 2001'de Günaydın'ın yerine Mülkiye Başmüfettişi Candan Eren'i görevlendirdi. Eren, eski raporu yırtıp attı. Erdoğan'ın çete oluşturduğu, siyasi geleceği için 1 milyar dolarlık suiistimal yaptığı iddiasını ileri sürdü. Bakan, Tayyip Erdoğan'ın yargılanması için izin verdi. Erdoğan, Danıştay 2. Dairesi'ne müracaat etti. 2. Daire, çete suçunun oluşmadığı görüşünü belirterek, Erdoğan'ın ancak görevi ihmal ya da suiistimal suçlarından yargılanabileceğini, bunun da, 1999'da çıkan Rahşan affı dolayısıyla erteleme kapsamında olduğunu söyledi. Erdoğan'ın yargılanmasına izin vermedi (11 Aralık 2001). Danıştay'ın bu kararı almasının sebebi, KİPTAŞ, İSBAK, İSTAÇ gibi Belediye İktisadi Teşekküllerinin (BİT) faaliyetlerinden dolayı, belediye başkanının hukuki sorumluluk taşımadığına inanmasıydı. Özel hukuka tâbi olan BİT'lerde, usulsüzlük yapılmışsa, bundan, sadece yönetim kurulu başkanı ve üyeleri sorumlu tutulabilirdi.
Yargıtay Başsavcısı Sabih Kanadoğlu, Danıştay'ın yetkisini aştığını iddia ederek, Erdoğan'ın TCK 313'üncü maddede yer alan "cürüm işlemek amacıyla teşekkül oluşturmak" suçundan yargılanmasını talep etti. Ama mahkeme, tıpkı Danıştay'ın 2. Dairesi gibi, İstanbul Belediye Başkanı'nın BİT'lerde hukuki sorumluluk taşımadığını, sadece görev ihmalinden yargılanabileceğini, bunun da erteleme kapsamına girdiğini belirtti. Erdoğan'ın önünü kesmek için 2002 seçimleri öncesi başvurulan dalaverelerin bir kısmını kısaca anlattım. Yargı zaman zaman siyasi manipülasyona fırsat veriyor. Bu da, güveni sarsıyor.