Motosiklet yarışlarının en önemli organizasyonunda sezonun 16. mücadelesi, Motegi kasabasıyla aynı adı taşıyan 4,8 kilometrelik pistte, 24 tur üzerinden yapıldı. Yarışı baştan sona domine eden Miller, damalı bayrağı ilk sırada görerek bu sezon podyumun zirvesine çıkan 6. farklı pilot oldu. Red Bull'un Güney Afrikalı pilotu Brad Binder, 3.409 saniye farkla ikinciliği, Prima Pramac takımından İspanyol Jorge Martin de 4.136 saniye geriden gelerek üçüncülüğü elde etti.
Bu sezon altı yarış kazanan ve Fransız Fabio Quartararo ile şampiyonluk mücadelesi veren İtalyan Francesco Bagnaia, son turda kontrolünü kaybederek yarış dışı kaldı. Bitime dört yarış kala puan farkını 18'e çıkaran lider Quartararo şampiyonluk yolunda avantaj sağladı. Şu ana kadar Francesco Bagnaia'nın (Ducati Lenovo takımı) 6, Enea Bastianini'nin (Gresini) 4, Fabio Quartararo'nun (Monster Energy Yamaha) 3, Miguel Oliveira (Red Bull KTM), Aleix Espargaro (Aprilia) ve Jack Miller'ın (Ducati Lenovo takımı) ise birer yarış galibiyeti bulunuyor.
Japonya Grand Prix'nin ardından pilotlar klasmanının ilk 5 sırası şöyle:
1. Fabio Quartararo (Fransa): 219 puan
2. Francesco Bagnaia (İtalya): 201
3. Aleix Espargaro (İspanya): 194
4. Enea Bastianini (İtalya): 170
5. Jack Miller (Avustralya): 159
