Özel Yetkili Mahkemelerle ilgili hazırlıklar Başbakanlık'ta sürüyor. MİT olayından sonra Tayyip Erdoğan'ın bu mahkemelere bakış açısının değiştiği ortada. Oysa, Gladyo'yla mücadele eden İtalya gibi bir ülkede, savcılar istihbarat örgütlerini de sorgulayabilmişti. Zaten dünyanın hiçbir medeni memleketinde sivil ve askeri bürokrasi üzerinde Türkiye'deki gibi bir dokunulmazlık zırhı mevcut değildir. Özel Yetkili Mahkemelerin soruşturma için ön izin alma şartı bulunmadığından, koruma zırhı delinebildi ve bu sayede Ergenekon, Balyoz gibi davalar açıldı. Aksi takdirde, daha Muzaffer Tekin ve Veli Küçük aşamasında takılıp kalırdık.
Ceza Muhakemesi Kanunu'nun 250. maddesine göre, Özel Yetkili Mahkemeler, örgüt faaliyeti çerçevesinde işlenen uyuşturucu kaçakçılığı, cebir ve tehdit uygulayan çıkar amaçlı suç örgütleri ve Türk Ceza Kanunu'nun 2. Kitabı'nın 4. Kısmı'nda yer alan devletin güvenliğine, anayasal düzene, milli savunmaya ve casusluk suçlarıyla ilgili davalara bakıyor. Devlet güvenliğine karşı suçlar, ülke bütünlüğünü bozmak ya da düşmanla işbirliği yapmak; anayasal düzene karşı suç, darbe, cumhurbaşkanına suikast konularını içeriyor; milli savunmaya karşı suçlar ise, savaş zamanında emirlere uymama, askeri komutanlıkların gaspı gibi fiilleri ihtiva ediyor.
Sadece silâhlı terör suçları Özel Yetkili Mahkemelerin kapsama alanında kalacak deniliyor. Bu durumda, anayasal düzene karşı suçlarda, askerlerin yargılanabilmesi için ön izin şartı otomatik olarak geri gelmiş oluyor. Zira yalnız Özel Yetkili Mahkemeler doğrudan soruşturmaya başlatabiliyor. Darbe suçlarına bakmak üzere Ankara'da bir Ağır Ceza Mahkemesi'nin ihtisas mahkemesi olarak görev yapacağı belirtiliyor. Yetkinin tek bir mahkemede olması doğru bir adım. Ama, yargılamaların izne bağlanması, aynı MİT'te gördüğümüz gibi birçok fiilin cezasız kalması sonucunu doğurabilir. Balyoz ve Ergenekon davalarının mevcut Özel Yetkili Mahkemelerde devam edeceği sızan haberler arasında. Zaten, aksi varit olsa, uzun yargılama sefahatini çöpe atıp, süreci yeniden başlatmak gerekirdi. Eğer Balyoz ve Ergenekon davaları gerçekten etkilenmeyecek ve selâmetle neticelenecekse, eğer, darbe teşebbüsleri için gerçekten Ankara'da tek bir Ağır Ceza Mahkemesi yetkili olacaksa, Özel Yetkili Mahkemelerin alanının terör suçlarına inhisar ettirilmesi o kadar büyük bir sakınca doğurmayabilir. Tek sakınca, ön izin şartıdır.